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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cz4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative PII-like signaling protein (TTHA0516) from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | hypothetical protein TTHA0516 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Conserved hypothetical protein / PII-like signaling protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / : / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arai, R. / Fusatomi, E. / Kukimoto-Niino, M. / Kawaguchi, S. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a putative PII-like signaling protein (TTHA0516) from Thermus thermophilus HB8 著者: Arai, R. / Fusatomi, E. / Kukimoto-Niino, M. / Kawaguchi, S. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13586.346 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0516 / プラスミド: pHCEH / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 0.1M Sodium acetate, 1.75M NaCl, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月11日 / 詳細: two dimensional focusing mirror | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 30273 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 18.9 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 2412 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 77.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.201 Å2 / ksol: 0.378132 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→49.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.93→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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