PDB-2cz3: Crystal structure of glutathione transferase zeta 1-1 (maleylacet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cz3

タイトル

Crystal structure of glutathione transferase zeta 1-1 (maleylacetoacetate isomerase) from Mus musculus (form-2 crystal)

要素

Maleylacetoacetate isomerase

キーワード

Isomerase / TRANSFERASE / structural genomics / GST / GSTZ1-1 / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / maleylacetoacetate isomerase / Tyrosine catabolism / Glutathione conjugation / maleylacetoacetate isomerase activity / L-tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Mizohata, E. / Morita, S. / Kinoshita, Y. / Nagano, K. / Uda, H. / Uchikubo, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutathione transferase zeta 1-1 (maleylacetoacetate isomerase) from Mus musculus (form-2 crystal)
著者: Mizohata, E. / Morita, S. / Kinoshita, Y. / Nagano, K. / Uda, H. / Uchikubo, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年7月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cz3.cif.gz	90.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cz3.ent.gz	69.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/2cz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/2cz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cz2
類似構造データ	1gtb-1 1uqy-d 2gng-d 1m9a-1 2isl-3 3cbu-d 4wr4-1 3lg6-1 4ee0-d 4wr5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmk001000137.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Maleylacetoacetate isomerase

B: Maleylacetoacetate isomerase

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.812, 55.812, 214.410
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	8 - 34	15 - 41
2	1	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	8 - 34	15 - 41
3	2	GLN	GLN	LEU	LEU	A	A	58 - 113	65 - 120
4	2	GLN	GLN	LEU	LEU	B	B	58 - 113	65 - 120
5	3	TRP	TRP	ASP	ASP	A	A	130 - 209	137 - 216
6	3	TRP	TRP	ASP	ASP	B	B	130 - 209	137 - 216

詳細

A dimer in the asymmetric unit is biological unit.

#1: タンパク質	Maleylacetoacetate isomerase / glutathione transferase zeta 1-1 (maleylacetoacetate isomerase) / MAAI / Glutathione S- transferase ...glutathione transferase zeta 1-1 (maleylacetoacetate isomerase) / MAAI / Glutathione S- transferase zeta 1 / GSTZ1-1 分子量: 25101.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell-free protein synthesis / プラスミド: PX041214-30 参照: UniProt: Q9WVL0, maleylacetoacetate isomerase, glutathione transferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium acetate, sodium cacodylate, PEG8000, glycerol, Tris, sodium chloride, dithiothreitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→70.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 9.825 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.463 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27474	880	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21794	-	-	-
obs	0.2207	16507	96.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0.6 Å²	0 Å²
2-	-	1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→70.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3074	0	0	73	3147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	1.974	4250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.83	3	6903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.122	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	569
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	3407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.126	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.201	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.493	1.5	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.931	2	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.388	3	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.317	4.5	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
960	tight positional	0.06	0.05
1581	loose positional	0.48	5
960	tight thermal	0.09	0.5
1581	loose thermal	0.83	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.38	57
R_work	0.335	1112

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6856	0.0268	-0.1164	1.0661	0.4631	0.8517	0.0103	-0.0532	0.0001	0.0422	-0.1126	0.0819	0.0892	-0.0019	0.1024	0.0172	-0.0191	0.0282	0.0855	-0.0287	0.0599	-11.0221	47.5129	17.6964
2	0.6527	-0.0448	0.2273	0.7775	-0.6852	0.7283	0.0196	-0.0807	0.0176	0.0142	-0.114	-0.0786	-0.0326	0.0696	0.0944	0.0235	-0.0236	0.0112	0.0959	0.0147	0.0639	10.4326	57.977	19.374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 215	11 - 222
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 215	11 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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