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- PDB-2cyf: The Crystal Structure of Canavalia Maritima Lectin (ConM) in Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cyf
タイトルThe Crystal Structure of Canavalia Maritima Lectin (ConM) in Complex with Trehalose and Maltose
要素Lectin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Canacalia maritima / Lectin / Maltose
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / : / Concanavalin-Br
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia maritima (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Sousa, E.P. / Gadelha, C.A.A. / Azevedo Jr., W.F. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a lectin from Canavalia maritima (ConM) in complex with trehalose and maltose reveals relevant mutation in ConA-like lectins
著者: Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Gadelha, C.A.A. / Santi-Gadelha, T. / Cajazeiras, J.B. / Souza, E.P. / Nascimento, K.S. / Freire, V.N. / Sampaio, A.H. / Azevedo Jr., W.F. / Cavada, B.S.
履歴
登録2005年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.classification / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
C: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8638
ポリマ－50,9882
非ポリマー8756
水5,891327
1
A: Lectin
C: Lectin
ヘテロ分子

A: Lectin
C: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,72616
ポリマ－101,9774
非ポリマー1,74912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.033, 97.332, 71.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Lectin


分子量: 25494.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia maritima (マメ科) / 組織: seeds / 参照: UniProt: P55915*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes-Na, ammonium sulfate, PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.43 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→9.99 Å / Num. all: 704459 / Num. obs: 50831 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MAR345データ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→9.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.691 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.8 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23802 4362 10 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.19799 43617 --
obs0.19355 39189 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3502 0 48 327 3877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223625
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8691.9424940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90537432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9665456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67724.73148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72915556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4631512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02710
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.23847
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1980.21898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.22408
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.080.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0780.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2150.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3640.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0081.52302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2861.5942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63323697
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45631465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6444.51243
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 307 -
Rwork0.221 2776 -
obs--99.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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