PDB-2cyd: Crystal structure of Lithium bound rotor ring of the V-ATPase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cyd

タイトル

Crystal structure of Lithium bound rotor ring of the V-ATPase from Enterococcus hirae

要素

V-type sodium ATP synthase subunit K

キーワード

HYDROLASE / NtpK / V-ATPase / Na(+)-ATPase / Lithium / Proteolipid / Enterococcus / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus hirae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Murata, T. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Shirouzu, M. / Walker, J.E. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Lithium bound rotor ring of the V-ATPase from Enterococcus hirae
著者: Murata, T. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Shirouzu, M. / Walker, J.E. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年7月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cyd.cif.gz	314.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cyd.ent.gz	262.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cyd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cyd_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cyd_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	2cyd_validation.xml.gz	74 KB	表示
CIF形式データ	2cyd_validation.cif.gz	89.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/2cyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/2cyd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bl2
類似構造データ	2db4-d 2bl2-d 4y4m-d 5j09-d 3aou-d 5mx5-2 5msj-4 5mx5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ar_001000494.1

-
リンク

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液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase)
類似性 (4)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#72 - 2005年12月
ATP合成酵素 (ATP Synthase)
類似性 (3)

登録構造単位

A: V-type sodium ATP synthase subunit K

B: V-type sodium ATP synthase subunit K

C: V-type sodium ATP synthase subunit K

D: V-type sodium ATP synthase subunit K

E: V-type sodium ATP synthase subunit K

F: V-type sodium ATP synthase subunit K

G: V-type sodium ATP synthase subunit K

H: V-type sodium ATP synthase subunit K

I: V-type sodium ATP synthase subunit K

J: V-type sodium ATP synthase subunit K

ヘテロ分子

176 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.648, 125.779, 210.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	ALA	ALA	A	A	1 - 156	1 - 156
2	1	1	MET	MET	ALA	ALA	B	B	1 - 156	1 - 156
3	1	1	MET	MET	ALA	ALA	G	G	1 - 156	1 - 156
4	1	1	MET	MET	ALA	ALA	D	D	1 - 156	1 - 156
5	1	1	MET	MET	ALA	ALA	E	E	1 - 156	1 - 156
6	1	1	MET	MET	ALA	ALA	H	H	1 - 156	1 - 156
1	1	2	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 49	1 - 49
2	1	2	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 49	1 - 49
3	1	2	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 49	1 - 49
4	2	2	LYS	LYS	ALA	ALA	A	A	51 - 156	51 - 156
5	2	2	LYS	LYS	ALA	ALA	C	C	51 - 156	51 - 156
6	2	2	LYS	LYS	ALA	ALA	F	F	51 - 156	51 - 156
1	1	3	MET	MET	TYR	TYR	A	A	1 - 4	1 - 4
2	1	3	MET	MET	TYR	TYR	I	I	1 - 4	1 - 4
3	2	3	VAL	VAL	GLN	GLN	A	A	13 - 48	13 - 48
4	2	3	VAL	VAL	GLN	GLN	I	I	13 - 48	13 - 48
5	3	3	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	55 - 77	55 - 77
6	3	3	ALA	ALA	PHE	PHE	I	I	55 - 77	55 - 77
7	4	3	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	86 - 125	86 - 125
8	4	3	VAL	VAL	PRO	PRO	I	I	86 - 125	86 - 125
9	5	3	HIS	HIS	LEU	LEU	A	A	127 - 154	127 - 154
10	5	3	HIS	HIS	LEU	LEU	I	I	127 - 154	127 - 154
11	6	3	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	156	156
12	6	3	ALA	ALA	ALA	ALA	I	I	156	156
1	1	4	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	13 - 78	13 - 78
2	1	4	VAL	VAL	ILE	ILE	J	J	13 - 78	13 - 78
3	2	4	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	89 - 156	89 - 156
4	2	4	GLY	GLY	ALA	ALA	J	J	89 - 156	89 - 156

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	V-type sodium ATP synthase subunit K / Na+ / - translocating ATPase subunit K / Sodium ATPase proteolipid component 分子量: 16043.918 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 発現宿主: Enterococcus hirae (バクテリア) / 株 (発現宿主): 25D / 参照: UniProt: P43457, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物	ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン分子量: 6.941 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 化合物	ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル分子量: 722.970 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド分子量: 496.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₄₄O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.9 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 400, Lithium chroride, Potassium citrate, Tris-HCl, Glycerol, Undecyl-maltoside, Dodecyl-maltoside, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→107.83 Å / Num. all: 78734 / Num. obs: 77244 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 56 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 10723 / R_sym value: 0.706

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→107.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 15.666 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21813	3890	5 %	RANDOM
R_work	0.20811	-	-	-
obs	0.20861	73353	98.11 %	-
all	-	77318	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.981 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→107.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11280	0	968	322	12570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	12671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.134	2.04	16911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.201	5	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.354	25.767	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.449	15	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	7419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	9112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.021	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.101	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.539	1.5	7798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.947	2	12221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.243	3	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.295	4.5	4690

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1245	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	1245	tight positional	0.02	0.05
1	3	G	1245	tight positional	0.02	0.05
1	4	D	1245	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	1245	tight positional	0.02	0.05
1	6	H	1245	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	1236	tight positional	0.03	0.05
2	2	C	1236	tight positional	0.02	0.05
2	3	F	1236	tight positional	0.02	0.05
3	1	A	1048	tight positional	0.04	0.05
4	1	A	1076	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	1245	tight thermal	0.06	0.5
1	2	B	1245	tight thermal	0.04	0.5
1	3	G	1245	tight thermal	0.04	0.5
1	4	D	1245	tight thermal	0.04	0.5
1	5	E	1245	tight thermal	0.04	0.5
1	6	H	1245	tight thermal	0.05	0.5
2	1	A	1236	tight thermal	0.06	0.5
2	2	C	1236	tight thermal	0.05	0.5
2	3	F	1236	tight thermal	0.05	0.5
3	1	A	1048	tight thermal	0.08	0.5
4	1	A	1076	tight thermal	0.1	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	283	-
R_work	0.286	5121	-
obs	-	-	94.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2768	-0.6326	-0.1284	1.1517	0.4248	1.6347	0.2783	0.0887	0.5187	-0.1282	-0.0572	-0.1364	-0.298	0.2008	-0.2212	-0.0217	-0.0609	0.0981	-0.1198	-0.0468	0.0101	36.6587	58.7991	21.0308
2	2.6623	-0.6297	-0.2937	1.2997	0.1961	1.622	0.1881	-0.0967	0.3329	0.1297	-0.0207	-0.1353	-0.3353	0.294	-0.1673	0.0325	-0.0998	0.0825	-0.0987	-0.1481	0.0441	34.4878	61.4322	38.5111
3	1.5506	-0.2292	-0.6559	1.3771	-0.1937	1.3247	0.1626	-0.4318	0.2972	0.3797	-0.0304	-0.1585	-0.2743	0.3692	-0.1322	0.0845	-0.0928	0.0367	0.0616	-0.1924	0.0123	32.317	53.2437	54.2389
4	1.8979	-0.2527	-0.152	2.1844	0.0823	0.9839	0.0827	-0.4749	0.092	0.561	-0.014	-0.1619	-0.0889	0.3789	-0.0687	0.1524	-0.0171	-0.0165	0.2001	-0.0487	-0.1319	30.9661	37.3417	62.2372
5	2.9109	-0.0423	-0.428	1.7348	0.1177	1.1668	0.0598	-0.5433	0.11	0.4905	-0.0161	-0.1227	0.1583	0.4039	-0.0438	0.1239	0.066	-0.0137	0.1364	0.1143	-0.0937	30.9481	19.7506	59.3149
6	1.4585	0.4253	-0.8865	1.2611	0.1308	1.4531	0.0654	-0.3711	-0.1568	0.3521	-0.0607	-0.1089	0.2927	0.3195	-0.0047	0.0402	0.0948	0.0159	-0.0003	0.1749	-0.0345	32.2896	7.2087	46.6628
7	2.2406	0.1951	-0.2521	1.0272	-0.2135	1.5808	-0.0003	-0.1721	-0.3096	0.1371	-0.0515	-0.1104	0.3513	0.2148	0.0519	-0.0207	0.0866	0.0337	-0.1299	0.111	0.015	34.4926	4.4324	29.1772
8	2.134	0.2252	0.5116	0.821	-0.1981	1.5364	0.0816	0.0119	-0.3752	-0.0392	-0.0525	-0.1079	0.2636	0.1348	-0.0291	-0.1023	0.0543	0.0275	-0.1231	-0.0057	-0.1011	36.7228	12.6133	13.5244
9	1.6963	-0.0681	0.2773	0.3616	-0.1974	0.7256	0.0642	0.107	-0.1199	-0.1042	-0.0419	-0.022	0.0355	0.0777	-0.0223	-0.1625	0.011	0.035	-0.0681	-0.0051	-0.1839	38.021	28.5174	5.6051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 156	1 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 156	1 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 156	1 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 156	1 - 156
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 156	1 - 156
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 156	1 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	1 - 156	1 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	1 - 156	1 - 156
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	1 - 156	1 - 156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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