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- PDB-2cxi: Crystal Structure Of An N-terminal Fragment Of The Phenylalanyl-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cxi
タイトルCrystal Structure Of An N-terminal Fragment Of The Phenylalanyl-tRNA Synthetase Beta-Subunit From Pyrococcus Horikoshii
要素Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
キーワードLIGASE / Aminoacyl-tRNA synthetase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-tRNA ligase beta chain 2, archaeal type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit, archaeal/eukaryotic type / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain ...Phenylalanine-tRNA ligase beta chain 2, archaeal type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit, archaeal/eukaryotic type / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Putative DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Sasaki, H. / Sekine, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural and mutational studies of the amino acid-editing domain from archaeal/eukaryal phenylalanyl-tRNA synthetase
著者: Sasaki, H.M. / Sekine, S. / Sengoku, T. / Fukunaga, R. / Hattori, M. / Utsunomiya, Y. / Kuroishi, C. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2005年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
B: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
C: Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7473
ポリマ－122,7473
非ポリマー00
水12,322684
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.779, 81.973, 139.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain / Phenylalanine--tRNA ligase beta chain / PheRS / PheRS beta


分子量: 40915.605 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal fragment(residues 1-348) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH0657 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O73984, phenylalanine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法, 修飾 / pH: 5.6
詳細: PEG 20000, sodium citrate, pH 5.6, Microbatch, modified, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97928, 0.97960, 0.98400
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979281
20.97961
30.9841
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 104810 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.94→41.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.264 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 5267 5 %RANDOM
Rwork0.18766 ---
obs0.18981 99536 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.245 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8526 0 0 684 9210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0228706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.97611706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47151029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34624.307411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.731151710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0821560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.24035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2730.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.311.55392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73528382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09133859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6784.53324
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.942→1.993 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.293 369
Rwork0.252 6637

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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