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- PDB-2cxe: Crystal structure of octameric ribulose-1,5-bisphosphate carboxyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cxe
タイトルCrystal structure of octameric ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) from Pyrococcus horikoshii OT3 (form-2 crystal)
要素Ribulose bisphosphate carboxylase
キーワードLYASE / structural genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP catabolic process / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / carbon fixation / oxidoreductase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain ...Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mizohata, E. / Mishima, C. / Akasaka, R. / Uda, H. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of octameric ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) from Pyrococcus horikoshii OT3 (form-2 crystal)
著者: Mizohata, E. / Mishima, C. / Akasaka, R. / Uda, H. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2005年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase
D: Ribulose bisphosphate carboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,2504
ポリマ－193,2504
非ポリマー00
水3,675204
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase
D: Ribulose bisphosphate carboxylase

A: Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase
D: Ribulose bisphosphate carboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,5018
ポリマ－386,5018
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
2
A: Ribulose bisphosphate carboxylase

A: Ribulose bisphosphate carboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6252
ポリマ－96,6252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area29610 Å2
手法PISA
3
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6252
ポリマ－96,6252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area29670 Å2
手法PISA
4
D: Ribulose bisphosphate carboxylase

D: Ribulose bisphosphate carboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6252
ポリマ－96,6252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.478, 149.207, 107.461
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

21D-437-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.25005, 0.86374, -0.43752), (-0.86642, -0.0021, -0.49931), (-0.43219, 0.50393, 0.74784)-30.09503, 34.80614, -17.49799
3given(-0.25073, 0.86432, 0.43599), (0.86839, 0.00177, 0.49589), (0.42783, 0.50294, -0.751)-30.10256, 34.89288, -17.44243
4given(-0.4928, 0.00535, -0.87012), (0.00024, -0.99998, -0.00628), (-0.87014, -0.0033, 0.49279)-0.05093, 69.6814, -0.0297
詳細The biological assembly is the octamer. Although the present asymmetic unit is tetramer, NCS constraint is applied to produce monomer (segment id A). The second, third, and fourth part in the asymmetric unit is generated by MTRIX in the PDB file. Biological assembly is generated from the asymmetric component by operator -x, y, -z.

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要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase / ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase / RuBisCO


分子量: 48312.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O58677, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: magnesium chloride, sodium chloride, sodium acetate, PEG6000, Tris, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 39367

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→46.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 416476.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 1838 5 %RANDOM
Rwork0.295 ---
obs0.295 36882 85.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.2828 Å2 / ksol: 0.307086 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 88.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.96 Å20 Å246.05 Å2
2---43.61 Å20 Å2
3---31.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.74 Å0.68 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.45 Å1.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13144 0 0 204 13348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.074
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg5.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.606 290 5.3 %
Rwork0.58 5162 -
obs--76.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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