温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8 詳細: PEG 3350, sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
-
データ収集
回折
ID
平均測定温度 (K)
Crystal-ID
1
100
1
2
100
1
1,2
1
放射光源
由来
サイト
ビームライン
ID
波長 (Å)
シンクロトロン
Photon Factory
BL-6A
1
0.97885, 0.97920, 0.97300
シンクロトロン
SPring-8
BL26B1
2
1
検出器
タイプ
ID
検出器
日付
ADSC QUANTUM 4
1
CCD
2004年10月3日
RIGAKU JUPITER 210
2
CCD
2004年10月10日
放射
ID
モノクロメーター
プロトコル
単色(M)・ラウエ(L)
散乱光タイプ
Wavelength-ID
1
SI(111)
MAD
M
x-ray
1
2
Sidoublecrystals
SINGLEWAVELENGTH
M
x-ray
1
放射波長
ID
波長 (Å)
相対比
1
0.97885
1
2
0.9792
1
3
0.973
1
4
1
1
反射
解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 18141 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3521 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 35.83
反射 シェル
解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9713 / Num. unique all: 1790 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.1
精密化
HKL-2000
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
SOLVE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→35.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 658296.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: HEMIHEDRAL TWINNING. TWINNING OPERATOR IS (K,H,-L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.218. THE R-FACTOR IS 0.184 AND THE R-FREE IS 0.211 WHEN THIS TWINNING OPERATOR IS USED.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2112
1200
7.7 %
RANDOM
Rwork
0.1844
-
-
-
obs
-
15498
99.5 %
-
溶媒の処理
溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータ
Biso mean: 43.5 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-1.27 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-1.27 Å2
0 Å2
3-
-
-
2.53 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.34 Å
0.3 Å
Luzzati d res low
-
5 Å
Luzzati sigma a
0.23 Å
0.25 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2→35.5 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
1080
0
0
54
1134
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d
0.007
1.5
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg
1.2
2
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d
22.1
2
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d
0.61
2.5
X-RAY DIFFRACTION
c_mcbond_it
1.38
X-RAY DIFFRACTION
c_mcangle_it
2.43
X-RAY DIFFRACTION
c_scbond_it
2.23
X-RAY DIFFRACTION
c_scangle_it
3.57
LS精密化 シェル
解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 8