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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cwz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Thermus thermophilus hypothetical protein TTHA0967, a thioesterase superfamily member | ||||||
要素 | thioesterase family protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Structural genomics / thioesterase / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | Fluoroacetyl-CoA thioesterase / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Pioszak, A.A. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the Thermus thermophilus hypothetical protein TTHA0967, a thioesterase superfamily member 著者: Pioszak, A.A. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cwz.cif.gz | 124.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cwz.ent.gz | 104.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cwz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/2cwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/2cwz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16379.073 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0967 / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SJP1 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, NaHepes, ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9792, 0.9797, 0.9706 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 53148 / Num. obs: 53148 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.336 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→45.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2041895.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.1211 Å2 / ksol: 0.437971 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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