PDB-2cvs: Structures of Yeast Ribonucleotide Reductase I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cvs

タイトル

Structures of Yeast Ribonucleotide Reductase I

要素

Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Eukaryotic / Ribonucleotide Reductase / dNTP Regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleotide binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Xu, H. / Faber, C. / Uchiki, T. / Fairman, J.W. / Racca, J. / Dealwis, C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structures of eukaryotic ribonucleotide reductase I provide insights into dNTP regulation
著者: Xu, H. / Faber, C. / Uchiki, T. / Fairman, J.W. / Racca, J. / Dealwis, C.

履歴

登録	2005年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cvs.cif.gz	149.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cvs.ent.gz	114.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cvs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cvs_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cvs_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	2cvs_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	2cvs_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/2cvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/2cvs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zyzC 1zzdC 2cvtC 2cvuC 2cvvC 2cvwC 2cvxC 2cvyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s8b-1 3s8c-1 2eud-1 3s87-1 2cvv-1 3tb9-1 3s8a-1 2cvw-1 2zlf-1 2cvy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1

99.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1

登録者が定義した集合体
199 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.511, 117.166, 63.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

The second part of the active biological dimer assembly is generated by the two fold axis: -x, -y+1, z.

#1: タンパク質	Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1 / Ribonucleotide reductase I 分子量: 99672.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: PWJ751-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P21524, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350, sodium acetate, ammonium sulfate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418, 0.91900, 0.91940

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月2日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.919	1
3	0.9194	1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 23818 / Num. obs: 23818 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 20.1

反射シェル

解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3098 / R_sym value: 0.445 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0007	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 11.72 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.338 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26693	2547	10.1 %	RANDOM
R_work	0.20436	-	-	-
obs	0.21071	22679	97.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.692 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5254	0	0	181	5435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5376
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.942	7279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.148	5	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.521	24.04	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.012	15	938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.267	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.272	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.105	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.791	1.5	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.419	2	5284
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.598	3	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.546	4.5	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	173	-
R_work	0.274	1696	-
obs	-	-	98.16 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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