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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cvq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NAD(H)-dependent malate dehydrogenase complexed with NADPH | ||||||
![]() | Malate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NAD-dependent-MDH NADP+ complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / oxaloacetate metabolic process / NADH metabolic process / tricarboxylic acid cycle 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomita, T. / Fushinobu, S. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of NAD-dependent malate dehydrogenase complexed with NADP(H) 著者: Tomita, T. / Fushinobu, S. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M. #1: ![]() タイトル: Determinants of protein thermostability observed in the 1.9-A crystal structure of malate dehydrogenase from the thermophilic bacterium Thermus flavus 著者: Kelly, C.A. / Nishiyama, M. / Ohnishi, Y. / Beppu, T. / Birktoft, J.J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Preliminary X-ray diffraction analysis of a crystallizable mutant of malate dehydrogenase from the thermophile Thermus flavus 著者: Kelly, C.A. / Sarfaty, S. / Nishiyama, M. / Beppu, T. / Birktoft, J.J. #3: ![]() タイトル: Refined crystal structure of cytoplasmic malate dehydrogenase at 2.5-A resolution 著者: Birktoft, J.J. / Rhodes, G. / Banaszak, L.J. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: Nucleotide sequence of the malate dehydrogenase gene of Thermus flavus and its mutation directing an increase in enzyme activity 著者: Nishiyama, M. / Matsubara, N. / Yamamoto, K. / Iijima, S. / Uozumi, T. / Beppu, T. #5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983 タイトル: The presence of a histidine-aspartic acid pair in the active site of 2-hydroxyacid dehydrogenases. X-ray refinement of cytoplasmic malate dehydrogenase 著者: Birktoft, J.J. / Banaszak, L.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -z, -x+1, y. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35466.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: AT-62 / プラスミド: pUC19-tMDH / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TRS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→69.07 Å / Num. all: 47323 / Num. obs: 43032 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.21 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Malate Dehydrogenase 解像度: 2.08→40.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2209383.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.7126 Å2 / ksol: 0.377332 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→40.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.08→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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