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- PDB-2cve: Crystal structure of a conserved hypothetical protein TT1547 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cve
タイトルCrystal structure of a conserved hypothetical protein TT1547 from thermus thermophilus HB8
要素hypothetical protein TTHA1053
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / COG1739 / UPF0029 / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational initiation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised domain UPF0029, Impact, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1949) / Impact, N-terminal domain / Impact, N-terminal / Uncharacterised protein family UPF0029, Impact, conserved site / Impact family / Impact, N-terminal domain superfamily / Uncharacterized protein family UPF0029 / Uncharacterized protein family UPF0029 signature. / Alpha-Beta Plaits - #240 ...Uncharacterised domain UPF0029, Impact, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1949) / Impact, N-terminal domain / Impact, N-terminal / Uncharacterised protein family UPF0029, Impact, conserved site / Impact family / Impact, N-terminal domain superfamily / Uncharacterized protein family UPF0029 / Uncharacterized protein family UPF0029 signature. / Alpha-Beta Plaits - #240 / EF-G domain III/V-like / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / IMPACT family member YigZ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Iino, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a conserved hypothetical protein TT1547 from thermus thermophilus HB8
著者: Iino, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S.
履歴
登録2005年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TTHA1053
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9833
ポリマ－20,6831
非ポリマー3002
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.670, 76.050, 102.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-267-

HOH

21A-300-

HOH

31A-308-

HOH

41A-315-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TTHA1053 / conserved hypothetical protein TT1547


分子量: 20682.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SJF5
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.550.9
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.50.8M Sodium/Potassium Tartrate, 0.5% PEG MME 5000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.824% PEG 400, 0.2M Calcium Chloride, 0.1M HEPES, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44B211
シンクロトロンSPring-8 BL26B221.00000, 1.07184, 1.07221
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2003年5月28日
RIGAKU JUPITER 2102CCD2004年6月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI DOUBLE-CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI DOUBLE-CRYSTALMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.071841
31.072211
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 27824 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 42.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 7.84 / Num. unique all: 2658 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1510081.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2759 9.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.215 ---
obs0.212 27794 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.2501 Å2 / ksol: 0.445225 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.95 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----1.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1453 0 20 168 1641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.872.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 449 10 %
Rwork0.252 4035 -
obs--97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3tla_xplor_param.txttla_xplor_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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