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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cv9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a hypothetical protein from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | hypothetical protein TTHA0625 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta alpha beta motif / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kanagawa, M. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein from Thermus thermophilus HB8 著者: Kanagawa, M. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cv9.cif.gz | 206.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cv9.ent.gz | 175.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cv9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2cv9_validation.pdf.gz | 390 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2cv9_full_validation.pdf.gz | 428.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2cv9_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2cv9_validation.cif.gz | 38.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/2cv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/2cv9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28305.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKL8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: magnesium chloride, Sodium Citrate, MPD, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9, 0.9791, 0.9795 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月2日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.501→20 Å / Num. all: 75502 / Num. obs: 75502 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 33.1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 249701.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.8364 Å2 / ksol: 0.371205 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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