+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cu6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure Of The dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase-related Protein From Thermus Thermophilus HB8 | ||||||
要素 | dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase-related Protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Thermus Thermophilus HB8 / dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase-related protein / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | : / Fe-S cluster assembly (FSCA) / MIP18 family-like / Iron-sulfur cluster assembly protein / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / MIP18 family-like domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Satoh, S. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure Of The dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase-related Protein From Thermus Thermophilus HB8 著者: Satoh, S. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cu6.cif.gz | 45.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2cu6.ent.gz | 35.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cu6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2cu6_validation.pdf.gz | 427.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2cu6_full_validation.pdf.gz | 428.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2cu6_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2cu6_validation.cif.gz | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/2cu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/2cu6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11541.915 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q53W28 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: Sodium Acetate, PEG 400, Magnesium Chloride, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 20442 / Num. obs: 20442 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 37.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 2026 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→32.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3387823.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.9527 Å2 / ksol: 0.378654 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→32.16 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|