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万見
- PDB-2cs7: 1.2 A Crystal structure of the S. pneumoniae PhtA histidine triad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cs7
タイトル1.2 A Crystal structure of the S. pneumoniae PhtA histidine triad domain a novel zinc binding fold
要素pneumococcal histidine triad A protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PhtA / Pneumococcal Histidine Triad Protein / S.pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


Chitinase A; domain 3 - #90 / Streptococcal histidine triad repeat / Histidine triad protein / PhtA domain superfamily / Streptococcal histidine triad protein / Chitinase A; domain 3 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Conserved domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Riboldi-Tunnicliffe, A. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2005
タイトル: 1.2 Angstroms crystal structure of the S. pneumoniae PhtA histidine triad domain a novel zinc binding fold.
著者: Riboldi-Tunnicliffe, A. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J.
履歴
登録2005年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: pneumococcal histidine triad A protein
B: pneumococcal histidine triad A protein
C: pneumococcal histidine triad A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2726
ポリマ－18,0763
非ポリマー1963
水3,513195
1
A: pneumococcal histidine triad A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0912
ポリマ－6,0251
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: pneumococcal histidine triad A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0912
ポリマ－6,0251
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: pneumococcal histidine triad A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0912
ポリマ－6,0251
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.182, 35.895, 72.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-237-

HOH

21C-242-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 pneumococcal histidine triad A protein


分子量: 6025.408 Da / 分子数: 3
断片: Pneumococcal Histidine Triad Protein Domain (residues 166-220)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: PhtA (18-220) / プラスミド: pQE10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 14972655, UniProt: A0A0H2UQ89*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.6M Ammonium Sulphate, 100mM Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月28日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→72.5 Å / Num. obs: 49793 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.669 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13498 2392 5.1 %RANDOM
Rwork0.11224 ---
all0.11341 ---
obs0.11341 44267 93.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.828 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.04 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1295 0 3 195 1493
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.931.9231807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.65432575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8955161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.11325.275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32915189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.333153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2350.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1630.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1280.2695
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0420.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3290.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9491.51067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.91.5343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2921298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2853673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9064.5509
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.235 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.193 151
Rwork0.15 3090
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.111 Å / Origin y: 9.181 Å / Origin z: 19.185 Å
111213212223313233
T-0.002 Å2-0.0002 Å20 Å2--0.0016 Å2-0.0002 Å2--0.0014 Å2
L0.0044 °2-0.0042 °2-0.0126 °2-0.0239 °20.0076 °2--0.0375 °2
S0.0005 Å °-0.0008 Å °-0.0016 Å °0.0003 Å °0.0016 Å °0.003 Å °-0.001 Å °0.0025 Å °-0.0021 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 542 - 55
2X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 542 - 55
3X-RAY DIFFRACTION1CC1 - 542 - 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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