PDB-2cqz: Crystal Structure of PH0347 protein from Pyrococcus horikoshii OT3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cqz

タイトル

Crystal Structure of PH0347 protein from Pyrococcus horikoshii OT3

要素

177aa long hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical proteins / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lokanath, N.K. / Terao, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of PH0347 protein from Pyrococcus horikoshii OT3
著者: Lokanath, N.K. / Terao, Y. / Kunishima, N.

履歴

登録	2005年5月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cqz.cif.gz	215.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cqz.ent.gz	175.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cqz_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cqz_full_validation.pdf.gz	488.3 KB	表示
XML形式データ	2cqz_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	2cqz_validation.cif.gz	53.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/2cqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/2cqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xx7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xx7-d 1m73-1 2pau-2 3ggs-d 4h41-d 1tdj-1 4l5y-1 3gb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: pho001000347.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 177aa long hypothetical protein

B: 177aa long hypothetical protein

C: 177aa long hypothetical protein

D: 177aa long hypothetical protein

E: 177aa long hypothetical protein

F: 177aa long hypothetical protein

ヘテロ分子

123 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.511, 101.166, 78.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Biological assemply of this protein is hexamer, which confirmed by DLS experiments

#1: タンパク質	177aa long hypothetical protein 分子量: 20458.867 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O58085
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9 詳細: Sodium chloride, Bicine, PEG-MME 550, pH 9.0, microbatch, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月7日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 32523 / Num. obs: 32607 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 46.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.27	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XX7

1xx7

解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 10.31 / SU ML: 0.221 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22531	1616	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
all	0.195	32607	-	-
obs	0.195	32523	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.68 Å²	0 Å²	-0.69 Å²
2-	-	3.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8448	0	6	171	8625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	8592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.542	1.987	11568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.973	5	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6270
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.332	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.236	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.022	1.5	5184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.036	2	8370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.511	3	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.83	4.5	3198

LS精密化シェル

解像度: 2.604→2.667 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.274	102
R_work	0.244	2025

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.593	-0.1565	-0.2434	1.3741	-0.2033	0.6822	0.0357	-0.1624	0.1694	0.0681	-0.0014	-0.126	-0.0661	0.0765	-0.0343	0.0792	-0.0173	-0.0397	0.067	-0.0536	0.1419	0.5002	62.3642	66.7192
2	1.5224	-0.1354	0.2129	1.1392	0.42	1.7054	-0.0293	0.2773	0.1106	-0.2166	0.0193	-0.0294	-0.2462	-0.0161	0.01	0.1593	-0.0205	0.0042	0.1121	0.0631	0.0371	-25.6753	61.6668	34.8374
3	0.5102	0.3801	0.0556	1.522	0.643	1.4178	-0.0353	0.0221	0.0624	0.0104	0.0141	0.0819	-0.0408	-0.2876	0.0212	0.0483	0.0298	0.0212	0.1324	0.0039	0.0985	-40.3795	61.3868	73.2762
4	1.0997	0.3989	-0.098	1.4865	0.3977	0.9716	-0.0322	-0.1606	-0.0422	0.2171	0.0354	-0.0963	0.1709	-0.005	-0.0032	0.1584	0.0082	-0.0072	0.104	0.0362	0.0436	-25.3263	47.3552	81.9203
5	0.6587	0.0018	-0.0411	1.2807	0.0496	1.4257	-0.007	0.0779	-0.0347	-0.1379	-0.0242	0.1331	0.1237	-0.2778	0.0312	0.0859	-0.0311	-0.0434	0.1472	0.0056	0.0903	-40.0728	46.7329	43.2094
6	1.7048	0.1317	0.0753	1.1393	-0.5004	1.1372	-0.0373	0.2113	-0.1672	-0.0803	0.0659	-0.1848	0.0425	0.0461	-0.0286	0.0789	-0.0013	0.0337	0.0539	-0.0549	0.1393	0.7815	47.6008	50.0351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 172	4 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 172	4 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 172	4 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 172	4 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 172	4 - 175
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 172	4 - 175

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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