+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cqg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of the RNA binding domain of TAR DNA-binding protein-43 | ||||||
要素 | TAR DNA-binding protein-43 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA recognition motif (RNA認識モチーフ) / RRM / RNA binding domain / RBD / RNP / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / response to endoplasmic reticulum stress / molecular condensate scaffold activity ...nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / response to endoplasmic reticulum stress / molecular condensate scaffold activity / RNA splicing / negative regulation of protein phosphorylation / mRNA 3'-UTR binding / regulation of protein stability / regulation of circadian rhythm / positive regulation of insulin secretion / 転写後修飾 / cytoplasmic stress granule / positive regulation of protein import into nucleus / rhythmic process / double-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / regulation of apoptotic process / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / lipid binding / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dyanamics, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Suzuki, S. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the RNA binding domain of TAR DNA-binding protein-43 著者: Suzuki, S. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cqg.cif.gz | 619.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2cqg.ent.gz | 518.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cqg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/2cqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/2cqg | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11465.996 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA recognition motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: TARDBP / プラスミド: P040524-02 / 参照: UniProt: Q13148 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.86mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: torsion angle dyanamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |