PDB-2coe: Solution structure of BRCT domain of terminal deoxynucleotidyltra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2coe

タイトル

Solution structure of BRCT domain of terminal deoxynucleotidyltransferase

要素

deoxynucleotidyltransferase, terminal variant

キーワード

TRANSFERASE / BRCT domain / DNA polymerase / teminal deoxynucleotidyltransferase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of BRCT domain of terminal deoxynucleotidyltransferase
著者: Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2coe.cif.gz	703.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2coe.ent.gz	588.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2coe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2coe_validation.pdf.gz	343.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2coe_full_validation.pdf.gz	512.2 KB	表示
XML形式データ	2coe_validation.xml.gz	56.2 KB	表示
CIF形式データ	2coe_validation.cif.gz	72 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/2coe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/2coe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mnu-d 1f0v-2 2kjd-d 2g0q-d 5x3y-d 2ecl-d 3m4t-d 2kpt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hss001003900.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (14) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (5) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (5)

登録構造単位

A: deoxynucleotidyltransferase, terminal variant

12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	deoxynucleotidyltransferase, terminal variant 分子量: 12900.611 Da / 分子数: 1 / 断片: BRCA1 C-turminus (BRCT) domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: DNTT, TDT / プラスミド: P040621-11 / 参照: UniProt: P04053, DNA nucleotidylexotransferase

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.26mM BRCT doamin U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.901	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.07	Guntert, P.	構造決定
CYANA	1.07	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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