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- PDB-2kjd: Solution structure of extended PDZ2 domain from NHERF1 (150-270) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kjd
タイトルSolution structure of extended PDZ2 domain from NHERF1 (150-270)
要素Sodium/hydrogen exchange regulatory cofactor NHE-RF1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PDZ domain / PROTEIN / Acetylation / Cell projection / Disease mutation / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / Wnt signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption / import across plasma membrane / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / cerebrospinal fluid circulation ...regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / renal phosphate ion absorption / import across plasma membrane / gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity / gamma-aminobutyric acid import / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / bile acid secretion / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of protein kinase activity / channel activator activity / stereocilium tip / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / plasma membrane organization / cilium organization / gland morphogenesis / myosin II binding / growth factor receptor binding / establishment of Golgi localization / intracellular phosphate ion homeostasis / fibroblast migration / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / plasma membrane protein complex / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / negative regulation of fibroblast migration / auditory receptor cell stereocilium organization / chloride channel regulator activity / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / beta-2 adrenergic receptor binding / nuclear migration / microvillus membrane / regulation of cell size / renal absorption / microvillus / negative regulation of mitotic cell cycle / phosphatase binding / transport across blood-brain barrier / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / ruffle / sperm midpiece / endomembrane system / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein localization to plasma membrane / morphogenesis of an epithelium / cell periphery / PDZ domain binding / filopodium / sensory perception of sound / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / beta-catenin binding / Wnt signaling pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / protein-containing complex assembly / vesicle / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Bhattacharya, S. / Cowburn, D. / Bu, Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A dynamic intramolecular conformational switch autoregulates the scaffolding protein NHERF1
著者: Bhattacharya, S. / Dai, Z. / Li, J. / Baxter, S. / Callaway, D.J.E. / Cowburn, D. / Bu, Z.
履歴
登録2009年5月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/hydrogen exchange regulatory cofactor NHE-RF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1011
ポリマ－14,1011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sodium/hydrogen exchange regulatory cofactor NHE-RF1 / NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) ...NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) exchanger / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 1 / Solute carrier family 9 isoform A3 regulatory factor 1


分子量: 14100.970 Da / 分子数: 1 / 断片: Extended PDZ2 domain: UNP residues 150-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9A3R1, NHERF, NHERF1 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14745

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D H(CCO)NH
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 550 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] PDZ2-270-1, 20 mM HEPES-2, 0.5 mM DTT-3, 0.1 mM PMSF-4, 150 mM sodium chloride-5, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
550 uMPDZ2-270-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMHEPES-21
0.5 mMDTT-31
0.1 mMPMSF-41
150 mMsodium chloride-51
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CARA1.5Keller and Wuthrichデータ解析
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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