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- PDB-2cme: The crystal structure of SARS coronavirus ORF-9b protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cme
タイトルThe crystal structure of SARS coronavirus ORF-9b protein
要素(HYPOTHETICAL PROTEIN ...) x 4
キーワードHYPOTHETICAL PROTEIN / ALTERNATIVE OPEN READING FRAME / LIPID-BINDING / VIRUS ASSEMBLY
機能・相同性
機能・相同性情報


outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / host cell endoplasmic reticulum / negative regulation of mitochondrial fission / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / host cell cytoplasmic vesicle membrane ...outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / host cell endoplasmic reticulum / negative regulation of mitochondrial fission / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / host cell cytoplasmic vesicle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Protein 9b, Betacoronavirus / Protein 9b, SARS-CoV / Betacoronavirus lipid binding protein / Sarbecovirus 9b domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / ORF9b protein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN SARS CORONAVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Meier, C. / Aricescu, A.R. / Assenberg, R. / Aplin, R.T. / Gilbert, R.J.C. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of Orf-9B, a Lipid Binding Protein from the Sars Coronavirus.
著者: Meier, C. / Aricescu, A.R. / Assenberg, R. / Aplin, R.T. / Gilbert, R.J.C. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I.
履歴
登録2006年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
D: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
E: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
F: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
G: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
H: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,63112
ポリマ－68,0628
非ポリマー5694
水1267
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
B: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4813
ポリマ－17,3392
非ポリマー1421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
D: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9843
ポリマ－16,8422
非ポリマー1421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
F: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0833
ポリマ－16,9412
非ポリマー1421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
G: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
H: HYPOTHETICAL PROTEIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0833
ポリマ－16,9412
非ポリマー1421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)140.028, 140.028, 45.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.34249, -0.55537, 0.7578), (-0.59135, -0.49934, -0.63321), (0.73007, -0.665, -0.1574)
ベクター: 68.8237, 72.195, -4.6497)

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要素

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HYPOTHETICAL PROTEIN ... , 4種, 8分子 ABCDFHEG

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN 5 / ORF-9B / ORF13


分子量: 8591.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN SARS CORONAVIRUS (ウイルス)
株: HKU-39849 / 細胞株: VERO E6 / プラスミド: GATEWAY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P59636
#2: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN 5 / ORF-9B / ORF13


分子量: 8748.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONTAINS LIPID MOLECULE (MODELLED AS DECANE, RESIDUE NAME D10)
由来: (組換発現) HUMAN SARS CORONAVIRUS (ウイルス)
株: HKU-39849 / 細胞株: VERO E6 / プラスミド: GATEWAY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P59636
#3: タンパク質
HYPOTHETICAL PROTEIN 5 / ORF-9B / ORF13


分子量: 8420.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONTAINS LIPID MOLECULE (MODELLED AS DECANE, RESIDUE NAME D10)
由来: (組換発現) HUMAN SARS CORONAVIRUS (ウイルス)
株: HKU-39849 / 細胞株: VERO E6 / プラスミド: GATEWAY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P59636
#4: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN 5 / ORF-9B / ORF13


分子量: 8519.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN SARS CORONAVIRUS (ウイルス)
株: HKU-39849 / 細胞株: VERO E6 / プラスミド: GATEWAY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P59636

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非ポリマー , 2種, 11分子

#5: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 8.2
詳細: 32% PEG3350, 200MM MGCL2, 100MM TRIS-HCL PH8.2, pH 8.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97903
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.9 Å / Num. obs: 22040 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 15.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.9 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: RESIDUAL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1763 8 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.266 22028 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.441 Å20 Å20 Å2
2--4.441 Å20 Å2
3----8.881 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4777 0 40 7 4824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.8874
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.196
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.9395
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.76210
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 0.2722 Å2 / Rms dev position: 0.2136 Å / Weight Biso : 3 / Weight position: 40
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 -8 %
Rwork0.404 2715 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DECANE.PARAMDECANE.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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