PDB-2ck4: Solution Structure of aOSK1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ck4

タイトル

Solution Structure of aOSK1

要素

POTASSIUM CHANNEL TOXIN ALPHA-KTX 3.7

キーワード

ION CHANNEL INHIBITOR / POTASSIUM CHANNEL INHIBITOR / ION CHANNEL BLOCKER / IONIC CHANNEL INHIBITOR / OSK1 / TOXIN / NEUROTOXIN / SCORPIO TOXIN

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 3.7

機能・相同性情報

生物種

ORTHOCHIRUS SCROBICULOSUS (サソリ)

手法

溶液NMR / ARIA

データ登録者

Alphonse, S. / Mouhat, S. / Sabatier, J.M. / Darbon, H. / Bernard, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of Two Analogues of the Osk1 Toxin
著者: Alphonse, S. / Mouhat, S. / Sabatier, J.M. / Darbon, H. / Bernard, C.

履歴

登録	2006年4月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ck4.cif.gz	255.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ck4.ent.gz	214.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ck4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/2ck4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/2ck4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ck5C 1sco C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x36-d 2lqa-d 1bbg-d 2mld-d 3a7q-3 6cdx-1 2li9-d 2idh-1 6d8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: POTASSIUM CHANNEL TOXIN ALPHA-KTX 3.7

4.21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #14

#1: タンパク質・ペプチド	POTASSIUM CHANNEL TOXIN ALPHA-KTX 3.7 / TOXIN OSK1 / OSK-1 分子量: 4207.241 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ORTHOCHIRUS SCROBICULOSUS (サソリ) / 参照: UniProt: P55896
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 16 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 20 TO ASP
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
2	2	1	TOCSY
3	3	1	COSY

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細

内容: 90%WATER,10%D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	3.5	1.0 atm	300.0 K
2		1.0 atm	300.0 K
3		1.0 atm	300.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker OTHER	Bruker	OTHER	500	1
Bruker OTHER	Bruker	OTHER	500	2
Bruker OTHER	Bruker	OTHER	500	3

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
ARIA	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
NMRView		構造決定

精密化

手法: ARIA / ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER REFINEMENT USING THE OPLSX FORCEFIELD.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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