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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ck1 | ||||||
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タイトル | The structure of oxidised cyclophilin A from s. mansoni | ||||||
要素 | PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE E | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / DISULPHIDE BRIDGE / CYCLOPHILIN / CYCLOSPORIN (シクロスポリン) / ROTAMASE ACTIVITY / ROTAMASE / RNA-BINDING / BETA-BARREL (Βバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SCHISTOSOMA MANSONI (マンソン住血吸虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Gourlay, L.J. / Angelucci, F. / Bellelli, A. / Boumis, G. / Miele, A.E. / Brunori, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Two Redox States of Cyclophilin-A from Schistosoma Mansoni: Evidence for Redox- Regulation of Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase Activity. 著者: Gourlay, L.J. / Angelucci, F. / Baiocco, P. / Boumis, G. / Brunori, M. / Bellelli, A. / Miele, A.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ck1.cif.gz | 48.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ck1.ent.gz | 33.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ck1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/2ck1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/2ck1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19218.100 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 102-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULPHIDE BRINDGE BETWEEN C122 AND C126 由来: (組換発現) SCHISTOSOMA MANSONI (マンソン住血吸虫) プラスミド: PGEX4T-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q26548, プロリルイソメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | PPIASES ACCELERATE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.78 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 2.5% GLYCEROL, 30% PEG5K MME, 2UM COPPER (II) SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 227195 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ZMF 解像度: 1.8→42.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.406 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.68 Å
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拘束条件 |
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