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万見
- PDB-2cjk: Structure of the RNA binding domain of Hrp1 in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cjk
タイトルStructure of the RNA binding domain of Hrp1 in complex with RNA
要素
  • 5'-R(*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP)-3'
  • NUCLEAR POLYADENYLATED RNA-BINDING PROTEIN 4
キーワードRNA BINDING PROTEIN / HRP1 / RNA-BINDING / RNA PROCESSING / MRNA PROCESSING / NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY / CLEAVAGE / POLYADENYLATION / NUCLEAR PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to DNA damage checkpoint signaling / mRNA cleavage factor complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HRP1, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法溶液NMR / XPLOR-NIH, CNS
データ登録者Perez-Canadillas, J.M.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2006
タイトル: Grabbing the message: structural basis of mRNA 3'UTR recognition by Hrp1.
著者: Perez-Canadillas, J.M.
履歴
登録2006年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR POLYADENYLATED RNA-BINDING PROTEIN 4
B: 5'-R(*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5622
ポリマ－21,5622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50COMPARISON BETWEEN ENERGY- ORDERED RMSD PROFILES AND TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 NUCLEAR POLYADENYLATED RNA-BINDING PROTEIN 4 / HRP1 / CLEAVAGE FACTOR IB / CFIB


分子量: 19065.559 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 156-322 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99383
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP)-3' / POLYADENYLATION ENHANCEMENT ELEMENT


分子量: 2496.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-NOESY-HSQC
22113C-NOESY- HSQC
331NOESY
441TOCSY AND COSY
551NOESY
661TOCSY AND COSY
771HNCA
881HN(CO)CA
991CBCACOHN
10101(H)CCH-COSY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 95% WATER/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
125 mM61.0 atm298.0 K
225 mM61.0 atm298.0 K
325 mM61.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker DMXBrukerDMX6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
Xplor-NIHSCHWIETERS精密化
NMRPipe構造決定
ANSIG構造決定
XwinNMR構造決定
精密化手法: XPLOR-NIH, CNS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: COMPARISON BETWEEN ENERGY- ORDERED RMSD PROFILES AND TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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