PDB-2cj4: Crystal Structure of a Cell Wall Invertase Inhibitor from Tobacco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cj4

タイトル

Crystal Structure of a Cell Wall Invertase Inhibitor from Tobacco at pH 4.6

要素

INVERTASE INHIBITOR

キーワード

INHIBITOR / PROTEIN BINDING / FOUR-HELIX BUNDLE / HELICAL HAIRPIN

機能・相同性

機能・相同性情報

plant-type cell wall modification / plant-type cell wall / enzyme inhibitor activity / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

NICOTIANA TABACUM (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Hothorn, M. / Scheffzek, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Multiple Crystal Forms of the Cell Wall Invertase Inhibitor from Tobacco Support High Conformational Rigidity Over a Broad Ph-Range
著者: Hothorn, M. / Scheffzek, K.

履歴

登録	2006年3月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cj4.cif.gz	133.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cj4.ent.gz	105.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/2cj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/2cj4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cj5C 2cj6C 2cj7C 2cj8C 1rj1S 1rj4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cj5-d 2cj6-d 1rj4-2 2cj7-d 7cls-d 2dwy-4 1rj1-d 1rj4-3 1rj4-4 5cd7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: INVERTASE INHIBITOR

B: INVERTASE INHIBITOR

ヘテロ分子

32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: INVERTASE INHIBITOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: INVERTASE INHIBITOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.350, 47.180, 57.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2015- HOH

#1: タンパク質	INVERTASE INHIBITOR 分子量: 16031.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NICOTIANA TABACUM (タバコ) / 組織: CELL WALL / プラスミド: PETM20 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI DE3 / 参照: UniProt: O49908
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化	pH: 4.6 / 詳細: 17% PEG 4000, 0.1 M NAOAC PH 4.6, 0.2 M LI2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9774
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→19.65 Å / Num. obs: 43726 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RJ1

1rj1

解像度: 1.63→19.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.878 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.189	2187	5 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.153	41534	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→19.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2198	0	31	340	2569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.992	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.844	3.001	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.737	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.079	25.556	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.493	15	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.566	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.324	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.67	1.5	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.922	2	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.499	3	903
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.766	4.5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.228	117
R_work	0.166	2217

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2203	-0.3183	-0.1261	1.6486	0.2823	0.7052	-0.0279	-0.0582	-0.0868	0.0148	0.031	-0.1275	0.0347	0.072	-0.0031	-0.122	-0.009	0.0001	-0.1329	0.0129	-0.1127	51.978	0.058	4.024
2	0.6395	0.4753	-0.0137	1.7692	-0.1732	0.6308	-0.0206	0.0734	0.0055	-0.0996	0.0098	-0.0717	-0.0038	0.0486	0.0109	-0.1082	0.0111	-0.0035	-0.1368	-0.0009	-0.1292	38.695	-0.457	-18.845

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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