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万見
- PDB-2chh: RALSTONIA SOLANACEARUM HIGH-AFFINITY MANNOSE-BINDING LECTIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2chh
タイトルRALSTONIA SOLANACEARUM HIGH-AFFINITY MANNOSE-BINDING LECTIN
要素PROTEIN RSC3288
キーワードLECTIN / SUGAR-BINDING PROTEIN / D-MANNOSE / PLANT PATHOGEN / HYPOTHETICAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Calcium-mediated lectin / Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / alpha-D-mannopyranose / Probable sugar-binding lectin protein
類似検索 - 構成要素
生物種RALSTONIA SOLANACEARUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Mitchell, E.P. / Wimmerova, M. / Imberty, A.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2004
タイトル: A new Ralstonia solanacearum high-affinity mannose-binding lectin RS-IIL structurally resembling the Pseudomonas aeruginosa fucose-specific lectin PA-IIL.
著者: Sudakevitz, D. / Kostlanova, N. / Blatman-Jan, G. / Mitchell, E.P. / Lerrer, B. / Wimmerova, M. / Katcoff, D.J. / Imberty, A. / Gilboa-Garber, N.
履歴
登録2006年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2006年3月16日ID: 1VYY
改定 1.02006年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 2.02018年12月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id ..._atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN RSC3288
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1796
ポリマ－11,7391
非ポリマー4405
水3,963220
1
A: PROTEIN RSC3288
ヘテロ分子

A: PROTEIN RSC3288
ヘテロ分子

A: PROTEIN RSC3288
ヘテロ分子

A: PROTEIN RSC3288
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,71824
ポリマ－46,9564
非ポリマー1,76220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.292, 62.064, 74.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2023-

HOH

21A-2181-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN RSC3288 / RALSTONIA SOLANACEARUM HIGH-AFFINITY MANNOSE-BINDING LECTIN RS2L


分子量: 11738.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RALSTONIA SOLANACEARUM (バクテリア)
プラスミド: PET25B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XUA5

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糖 , 2種, 2分子

#4: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 223分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT WAS USED TO LOCATE THE CALCIUM POSITIONS AND THEN ACORN TO GENERATE PHASING FOR FULL MODEL RECONSTRUCTION WITH ARPWARP
結晶化pH: 8.2
詳細: 5UL DROPS OF 10MG/ML PROTEIN DISSOLVED IN WATER MIXED WITH 5UL DROPS OF 8% PEG 10000, 0.1M TRIS HCL, PH 8.2 WITH MANNOSE AT 270UG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→18.6 Å / Num. obs: 73738 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.92 % / Biso Wilson estimate: 5.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.68
反射 シェル解像度: 1→1.01 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UQX

1uqx


解像度: 1→18.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 0.371 / SU ML: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MET 90 IS MODELLED AS TWO CONFORMATIONS. UNK 1 IS AN UNKNOWN ATOM NEARBY TO MET 90. THE MET 90 CONFORMER B HAS AN UNUSUALLY SHORT SD-CE BOND ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MET 90 IS MODELLED AS TWO CONFORMATIONS. UNK 1 IS AN UNKNOWN ATOM NEARBY TO MET 90. THE MET 90 CONFORMER B HAS AN UNUSUALLY SHORT SD-CE BOND LENGTH. THIS COULD BE DUE TO RADIATION DAMAGE EFFECTS THAT WERE NOT UNDERSTOOD IN THIS INSTANCE. DATA COLLECTED AT LOWER RESOLUTION WITH A LOWER DOSE DID NOT SHOW THE SAME DISTORTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11 3685 5 %RANDOM
Rwork0.1 ---
obs0.1 69370 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→18.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数817 0 27 220 1064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9771.951341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.91932005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.965140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.13828.15838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73415157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.370.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3360.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2690.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6021.5649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.30621052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1663344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1254.5288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1→1.03 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.237 237
Rwork0.241 5011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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