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- PDB-2cg8: The bifunctional dihydroneopterin aldolase 6-hydroxymethyl-7,8- d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cg8
タイトルThe bifunctional dihydroneopterin aldolase 6-hydroxymethyl-7,8- dihydropterin synthase from Streptococcus pneumoniae
要素DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
キーワードLYASE/TRANSFERASE / ALDOLASE / FOLATE BIOSYNTHESIS / PYROPHOSPHOKINASE / LYASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / TRANSFERASE / LYASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK ...Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional folate synthesis protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Garcon, A. / Levy, C. / Derrick, J.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Bifunctional Dihydroneopterin Aldolase/6-Hydroxymethyl-7,8-Dihydropterin Pyrophosphokinase from Streptococcus Pneumoniae.
著者: Garcon, A. / Levy, C. / Derrick, J.P.
履歴
登録2006年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
B: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
C: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
D: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,5314
ポリマ－124,5314
非ポリマー00
水00
1
A: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
B: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
C: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
D: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE

A: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
B: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
C: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE
D: DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,0628
ポリマ－249,0628
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)149.440, 149.440, 238.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTHRTHRAA1 - 431 - 43
21METMETTHRTHRBB1 - 431 - 43
31METMETTHRTHRCC1 - 431 - 43
41METMETTHRTHRDD1 - 431 - 43
12VALVALASNASNAA51 - 12951 - 129
22VALVALASNASNBB51 - 12951 - 129
32VALVALASNASNCC51 - 12951 - 129
42VALVALASNASNDD51 - 12951 - 129
13ALAALASERSERAA140 - 156140 - 156
23ALAALASERSERBB140 - 156140 - 156
33ALAALASERSERCC140 - 156140 - 156
43ALAALASERSERDD140 - 156140 - 156
14ALAALAGLYGLYAA172 - 199172 - 199
24ALAALAGLYGLYBB172 - 199172 - 199
34ALAALAGLYGLYCC172 - 199172 - 199
44ALAALAGLYGLYDD172 - 199172 - 199
15LEULEUTYRTYRAA213 - 265213 - 265
25LEULEUTYRTYRBB213 - 265213 - 265
35LEULEUTYRTYRCC213 - 265213 - 265
45LEULEUTYRTYRDD213 - 265213 - 265

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.4934, 0.51, 0.7046), (0.5044, 0.4922, -0.7095), (-0.7086, 0.7054, -0.01443)0.3755, -0.402, -0.05502
2given(-0.2822, -0.7232, -0.6304), (-0.7139, -0.2806, 0.6416), (-0.6409, 0.6311, -0.4371)-57.07, -56.57, -0.2405
3given(-0.9501, -0.05956, -0.3061), (-0.04416, -0.946, 0.3211), (-0.3087, 0.3186, 0.8962)-57.26, -56.38, 0.5092
詳細THE QUATERNARY STRUCTURE WAS STUDIED BY LOPEZ ET AL 1993J BACTERIOL 175, 2214-2220, WHO CONCLUDED THAT IT IS ATETRAMER, BUT SUBSEQUENT STRUCTURES OF RELATED ALDOLASESFROM S. AUREUS AND M. TUBERCULOSIS HAVE ESTABLISHED THATAN OCTAMER IS MORE LIKELY.

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要素

#1: タンパク質
DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN SYNTHASE / DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE / DHNA / 2-AMINO-4-HYDROXY-6-HYDROXYMETHYLDIHYDROPTERIDINE ...DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE / DHNA / 2-AMINO-4-HYDROXY-6-HYDROXYMETHYLDIHYDROPTERIDINE PYROPHOSPHOKINASE / 7 / 8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN PYROPHOSPHOKINASE / 6-HYDROXYMETHYL-7 / 8-DIHYDROPTERIN PYROPHOSPHOKINASE / HPPK / PPPK


分子量: 31132.732 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P59657, dihydroneopterin aldolase, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase
配列の詳細GENBANK SEQUENCE DIFFERS FROM THAT REPORTED BY LOPEZ ET AL (1990) J BACT 172 4766 BY TWO MUTATIONS- ...GENBANK SEQUENCE DIFFERS FROM THAT REPORTED BY LOPEZ ET AL (1990) J BACT 172 4766 BY TWO MUTATIONS- V29I AND F86S. USED THE ORIGINAL SEQUENCE FOR THE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→42 Å / Num. obs: 62341 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.87→2.97 Å / 冗長度: 5.76 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NBU

1nbu


解像度: 2.9→127 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 24.764 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.355 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3059 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.216 57383 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20 Å20 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7968 0 0 0 7968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.040.0228130
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1641.97411018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.295966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.76624.828379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.571151482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8111538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1790.21271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2910.33503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3630.55679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.5425
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.379
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.518
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.73825038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.57637949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25823523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.28733069
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1798 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.180.5
2Bmedium positional0.230.5
3Cmedium positional0.210.5
4Dmedium positional0.290.5
1Amedium thermal1.352
2Bmedium thermal1.522
3Cmedium thermal1.332
4Dmedium thermal1.482
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.352 207
Rwork0.322 4209
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71061.3979-0.65473.6593-0.95122.2302-0.05260.0548-0.1454-0.18630.0059-0.23650.26240.06850.0466-0.16130.03550.0483-0.1048-0.0358-0.1928-29.4719-48.5383-12.8108
23.01920.1684-0.61824.0684-0.63283.9613-0.15730.274-0.4263-0.58990.0773-0.21340.43550.09960.07990.00950.0164-0.0533-0.0878-0.0056-0.1243-49.9057-73.0863-16.7458
33.64350.8848-0.68771.8812-0.06861.61670.0716-0.2792-0.16110.2027-0.0188-0.03150.10130.0691-0.0528-0.0980.0357-0.0366-0.13410.0471-0.1923-30.3596-47.873213.658
42.8109-0.03770.14292.7433-1.12412.71930.0506-0.1162-0.0887-0.0428-0.066-0.1280.0694-0.00030.0154-0.07530.0263-0.0092-0.15810.0368-0.2054-49.453-73.596216.4347
51.0940.4815-0.43122.533-1.56682.6635-0.0036-0.0008-0.1075-0.11820.0022-0.25630.11240.21970.0015-0.15440.05520.0249-0.126-0.0688-0.1022-5.63-29.5164-7.5141
62.97830.9236-0.70194.7794-0.66432.7008-0.0830.0226-0.1414-0.1860.0119-0.61190.01920.58850.0711-0.1187-0.05590.02320.1727-0.01760.063820.4856-11.3331-6.9858
71.04380.8770.15714.60920.82332.0145-0.04640.0730.1141-0.09350.04320.195-0.2999-0.05540.0032-0.1418-0.00760.0256-0.07850.0311-0.1926-22.5922-12.8372-17.1371
82.57440.36190.44682.51060.37052.37940.05340.25120.3271-0.2949-0.0787-0.087-0.33860.20060.02540.0691-0.07790.08080.00330.0490.0189-0.17999.4605-22.7838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 43
2X-RAY DIFFRACTION1A51 - 120
3X-RAY DIFFRACTION2A121 - 159
4X-RAY DIFFRACTION2A170 - 200
5X-RAY DIFFRACTION2A211 - 267
6X-RAY DIFFRACTION3B1 - 44
7X-RAY DIFFRACTION3B49 - 120
8X-RAY DIFFRACTION4B121 - 160
9X-RAY DIFFRACTION4B169 - 200
10X-RAY DIFFRACTION4B209 - 267
11X-RAY DIFFRACTION5C1 - 120
12X-RAY DIFFRACTION6C121 - 159
13X-RAY DIFFRACTION6C170 - 200
14X-RAY DIFFRACTION6C210 - 267
15X-RAY DIFFRACTION7D1 - 44
16X-RAY DIFFRACTION7D49 - 120
17X-RAY DIFFRACTION8D121 - 158
18X-RAY DIFFRACTION8D170 - 200
19X-RAY DIFFRACTION8D207 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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