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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cfy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human thioredoxin reductase 1 | ||||||
![]() | THIOREDOXIN REDUCTASE 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PHOSPHORYLATION / REDOX-ACTIVE CENTER / NADP | ||||||
機能・相同性 | ![]() Metabolism of ingested MeSeO2H into MeSeH / NADPH peroxidase / NADPH peroxidase activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Uptake and function of diphtheria toxin / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...Metabolism of ingested MeSeO2H into MeSeH / NADPH peroxidase / NADPH peroxidase activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Uptake and function of diphtheria toxin / Detoxification of Reactive Oxygen Species / mesoderm formation / FAD binding / cell redox homeostasis / TP53 Regulates Metabolic Genes / PPARA activates gene expression / fibrillar center / cell population proliferation / signal transduction / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Debreczeni, J.E. / Johansson, C. / Kavanagh, K. / Savitsky, P. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Oppermann, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Thioredoxin Reductase 1 著者: Debreczeni, J.E. / Johansson, C. / Kavanagh, K. / Savitsky, P. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Oppermann, U. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 546.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 445.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1h6vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57283.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 150 UL SITTING DROPS, 20% PEG3350, 0.1 M TRIS PH 7, ADDITIVE: NSDB-221 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→47 Å / Num. obs: 100946 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1H6V 解像度: 2.7→149.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 24.607 / SU ML: 0.24 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.099 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→149.07 Å
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拘束条件 |
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