PDB-2cfo: Non-Discriminating Glutamyl-tRNA Synthetase from Thermosynechococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cfo

タイトル

Non-Discriminating Glutamyl-tRNA Synthetase from Thermosynechococcus elongatus in Complex with Glu

要素

GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE

キーワード

LIGASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Schulze, J.O. / Nickel, D. / Schubert, W.-D. / Jahn, D. / Heinz, D.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of a Non-Discriminating Glutamyl- tRNA Synthetase.
著者: Schulze, J.O. / Masoumi, A. / Nickel, D. / Jahn, M. / Jahn, D. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W.

履歴

登録	2006年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cfo.cif.gz	205.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cfo.ent.gz	165.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cfo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cfo_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cfo_full_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示
XML形式データ	2cfo_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	2cfo_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/2cfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/2cfo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1glnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2eb1-d 3pnv-2 3pny-3 5h4v-2 5h4v-3 5vcn-2 1gln-d 5hpf-d 4pp1-1 2o5r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE

B: GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.149, 99.603, 182.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9889, -0.1479, 0.01484), (-0.1476, -0.9888, -0.02103), (0.01779, 0.01861, -0.9997)
ベクター: 18.17, 6.482, 91.46)

#1: タンパク質	GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE / GLUTAMATE--TRNA LIGASE / GLURS 分子量: 55361.547 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-485 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) 株: BP-1 / プラスミド: PET29 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DLI5, glutamate-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	pH: 5.8 詳細: 740 MM NA CITRATE, 140 MM CITRIC ACID, 10 MM DTT, pH 5.80

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.89974
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89974 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 46164 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 41.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GLN

1gln

解像度: 2.45→45.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 18.54 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	2309	5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.189	43854	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	0 Å²	0.3 Å²
2-	-	4.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→45.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7691	0	10	312	8013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	7921
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.956	10773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.432	5	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.518	23.461	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.402	15	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.702	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	3790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.285	0.2	5388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.128	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.127	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.161	2	5027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.214	3	7757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.207	2	3388
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.218	3	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.301	159
R_work	0.245	3014

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7572	0.3952	-1.5166	5.1291	-1.3442	10.5948	0.4471	0.1755	-0.0211	0.6891	-0.3875	-0.3708	-0.5907	0.3424	-0.0596	-0.0321	-0.0088	-0.0612	-0.0471	0.0502	-0.1109	4.917	-14.742	40.09
2	1.133	0.0325	-0.3868	0.9357	0.0495	1.603	0.1517	0.2467	0.076	-0.1059	-0.1448	-0.1204	-0.0086	-0.0154	-0.0069	-0.289	-0.0052	-0.0427	0.0044	-0.0068	-0.1827	0.941	3.197	23.04
3	1.2406	-0.1041	-0.1022	1.6313	-1.5338	2.5026	0.0484	-0.0919	-0.108	0.1507	0.0679	0.0186	0.0993	-0.1973	-0.1162	-0.2109	-0.0073	-0.0337	0.0329	-0.06	-0.1212	-4.369	-7.709	29.468
4	1.5041	0.2792	1.3899	0.8728	-0.3183	8.8652	0.1726	-0.2345	-0.2446	-0.1079	-0.1077	0.1358	0.3759	-0.5347	-0.0648	-0.0337	-0.0531	-0.0077	0.0476	0.1055	-0.0328	-0.343	-23.226	61.187
5	6.3106	1.1147	-3.1844	3.889	-2.7462	9.6809	0.2287	0.1163	0.0389	-0.0992	0.0915	0.1242	-0.3639	0.0053	-0.3202	-0.1511	-0.1151	0.0243	0.2167	0.0879	-0.1502	-4.324	-28.138	94.505
6	6.9765	3.2729	-4.5305	1.55	-2.6126	19.2581	0.4715	-0.6346	0.6939	-0.0386	-0.1513	-0.1755	-0.6153	0.2177	-0.3202	-0.1077	-0.0681	0.0299	0.052	0.1536	-0.0368	2.236	-24.74	92.205
7	2.5005	-0.5589	-0.3269	2.8184	-0.6842	6.538	0.1829	-0.2311	0.0207	-0.1941	0.0722	-0.2203	-0.1012	0.187	-0.2551	-0.24	-0.042	0.035	0.0124	0.0222	-0.1297	-9.571	22.575	51.74
8	4.9886	2.8016	-0.7274	3.575	0.9247	2.1112	0.0129	-0.2315	-0.0887	0.2034	-0.1034	0.0537	0.5131	0.0546	0.0905	-0.1865	0.0667	-0.0072	0.0202	0.0492	-0.1876	-19.431	-1.117	71.169
9	2.4102	-0.0039	-0.7717	1.9133	-0.2605	2.0644	0.0906	-0.0019	0.0921	-0.1226	-0.0545	-0.0777	-0.088	-0.1233	-0.0361	-0.234	0.0217	0.0133	-0.1132	-0.0682	-0.1841	-21.246	15.424	66.356
10	14.3004	-1.426	-5.9083	7.3767	9.6642	29.5652	-0.3946	1.5445	-1.2981	-0.1782	-0.5817	0.3796	1.1753	-2.1311	0.9763	-0.0728	-0.1192	-0.0007	0.3193	-0.0121	0.1216	-26.506	17.429	43.274
11	0.5264	0.3907	-0.5355	0.559	-1.6316	6.2061	0.0363	0.0881	0.176	0.2148	0.1126	0.1537	-0.5881	-0.436	-0.149	-0.0224	0.097	0.0305	0.0882	0.123	0.0175	-14.332	33.616	22.162
12	7.1092	-1.3341	3.5104	2.5812	-2.7027	9.5902	0.0618	0.4788	-0.4341	-0.1966	-0.0455	0.1421	0.5438	-0.3973	-0.0163	-0.2291	-0.0272	-0.0108	0.1003	0.1505	-0.0746	-15.972	34.09	-1.775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 155
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	156 - 252
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	253 - 382
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	383 - 454
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	455 - 485
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	76 - 148
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	149 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	237 - 253
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	254 - 428
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	429 - 488

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)