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- PDB-2cfc: structural basis for stereo selectivity in the (R)- and (S)- hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cfc
タイトルstructural basis for stereo selectivity in the (R)- and (S)- hydroxypropylethane thiosulfonate dehydrogenases
要素2-(R)-HYDROXYPROPYL-COM DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


2-(R)-hydroxypropyl-CoM dehydrogenase / 2-(R)-hydroxypropyl-CoM dehydrogenase activity / propylene catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2-[2-KETOPROPYLTHIO]ETHANESULFONATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 2-(R)-hydroxypropyl-CoM dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Krishnakumar, A.M. / Nocek, B.P. / Clark, D.D. / Ensign, S.A. / Peters, J.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Stereoselectivity in the (R)-and (S)-Hydroxypropylthioethanesulfonate Dehydrogenases.
著者: Krishnakumar, A.M. / Nocek, B.P. / Clark, D.D. / Ensign, S.A. / Peters, J.W.
履歴
登録2006年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-(R)-HYDROXYPROPYL-COM DEHYDROGENASE
B: 2-(R)-HYDROXYPROPYL-COM DEHYDROGENASE
C: 2-(R)-HYDROXYPROPYL-COM DEHYDROGENASE
D: 2-(R)-HYDROXYPROPYL-COM DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,11012
ポリマ－104,6634
非ポリマー3,4478
水16,484915
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.441, 110.280, 68.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1))

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要素

#1: タンパク質
2-(R)-HYDROXYPROPYL-COM DEHYDROGENASE / R-HPCD / R-HPCDH / ALIPHATIC EPOXIDE CARBOXYLATION COMPONENT III


分子量: 26165.854 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS (バクテリア)
株: PY2
参照: UniProt: Q56840, 2-(R)-hydroxypropyl-CoM dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-KPC / (2-[2-KETOPROPYLTHIO]ETHANESULFONATE / 2-[(2-オキソプロピル)チオ]-1-エタンスルホン酸


分子量: 198.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O4S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 915 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化詳細: 15MM NAD, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES, PH7.5, 30% W/V PEG400 AND 0.1 SPERMINE TETRACHLORIDE AND 20MM R-HYDROXY PROPYL COM

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.87008,1.00871
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.870081
21.008711
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 149113 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル最高解像度: 1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 5838 3.3 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.1974 133632 76.1 %-
溶媒の処理Bsol: 78.8068 Å2 / ksol: 0.384731 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.772 Å2
2---3.947 Å20 Å2
3---3.968 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7328 0 220 915 8463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011661
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54661
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3NAD.PAR
X-RAY DIFFRACTION4KETOCOM.PAR
X-RAY DIFFRACTION5R0523.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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