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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cev | ||||||
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タイトル | ARGINASE FROM BACILLUS CALDEVELOX, NATIVE STRUCTURE AT PH 8.5 | ||||||
要素 | PROTEIN (ARGINASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ENZYME / ARGININE HYDROLYSIS / NITROGEN METABOLISM / MANGANESE METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus caldovelox (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Bewley, M.C. / Jeffrey, P.D. / Patchett, M.L. / Kanyo, Z.F. / Baker, E.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Crystal structures of Bacillus caldovelox arginase in complex with substrate and inhibitors reveal new insights into activation, inhibition and catalysis in the arginase superfamily. 著者: Bewley, M.C. / Jeffrey, P.D. / Patchett, M.L. / Kanyo, Z.F. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cev.cif.gz | 354.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cev.ent.gz | 289.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cev.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2cev_validation.pdf.gz | 412.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2cev_full_validation.pdf.gz | 427.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2cev_validation.xml.gz | 34.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2cev_validation.cif.gz | 54.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2cev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2cev | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32476.248 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus caldovelox (バクテリア) 株: BACILLUS SPECIES DSM 411 / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53608, arginase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-GAI / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, MIXING 2 UL PROTEIN WITH 2 UL RESERVOIR SOLUTION. PROTEIN SOLUTION 27 MG/ML PROTEIN, 10 MM MOPS,PH 7.5. RESERVOIR SOLUTION 27-30% MONOMETHYLPEG 5000, 10 MM ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, MIXING 2 UL PROTEIN WITH 2 UL RESERVOIR SOLUTION. PROTEIN SOLUTION 27 MG/ML PROTEIN, 10 MM MOPS,PH 7.5. RESERVOIR SOLUTION 27-30% MONOMETHYLPEG 5000, 10 MM MNCL2, 10 MM GUANIDINE HYDROCHLORIDE, IN 0.1 M BISTRISPROPANE/HCL, PH 8.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 93307 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 63.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 436708 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: LOW RESOLUTION STRUCTURE OF A DIFFERENT CRYSTAL FORM 解像度: 2.15→6 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |