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万見
- PDB-2cbz: Structure of the human Multidrug Resistance Protein 1 Nucleotide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cbz
タイトルStructure of the human Multidrug Resistance Protein 1 Nucleotide Binding Domain 1
要素MULTIDRUG RESISTANCE-ASSOCIATED PROTEIN 1
キーワードTRANSPORT / ABC PROTEINS / MRP1/ABCC1 / NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN / ATP-BINDING / HYDROLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled carboxylic acid transmembrane transporter activity / pigment accumulation / antigen processing and presentation of lipid antigen via MHC class Ib / sphingolipid translocation / intracellular nitrogen homeostasis / granuloma formation / ABC-type vitamin B12 transporter activity / Transport of RCbl within the body / cyclic nucleotide transport / NK T cell activation ...ATPase-coupled carboxylic acid transmembrane transporter activity / pigment accumulation / antigen processing and presentation of lipid antigen via MHC class Ib / sphingolipid translocation / intracellular nitrogen homeostasis / granuloma formation / ABC-type vitamin B12 transporter activity / Transport of RCbl within the body / cyclic nucleotide transport / NK T cell activation / bilirubin transmembrane transporter activity / neural tissue regeneration / amygdala development / cobalamin transport / sphingolipid intramembrane carrier activity / lymphocyte migration / glutathione transmembrane transport / endothelium development / carboxylic acid transmembrane transport / leukotriene transport / glucocorticoid metabolic process / glutathione transmembrane transporter activity / leukotriene metabolic process / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / carboxylic acid transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / : / macrophage activation / tissue homeostasis / heme catabolic process / xenobiotic transport across blood-brain barrier / response to fluid shear stress / endothelial cell apoptotic process / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / leukotriene biosynthetic process / export across plasma membrane / Paracetamol ADME / inflammatory response to antigenic stimulus / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / transepithelial transport / ABC-type xenobiotic transporter / hydrogen peroxide biosynthetic process / protein localization to cell surface / superoxide anion generation / Heme degradation / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / exploration behavior / amyloid-beta clearance / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / lateral plasma membrane / amyloid-beta metabolic process / xenobiotic transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / ABC-type transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / neurogenesis / cell redox homeostasis / establishment of localization in cell / response to glucocorticoid / basal plasma membrane / blood vessel diameter maintenance / cell chemotaxis / hippocampus development / glutathione metabolic process / regulation of membrane potential / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-family protein mediated transport / cellular response to type II interferon / transmembrane transport / response to toxic substance / multicellular organism growth / cellular response to amyloid-beta / memory / positive regulation of inflammatory response / cellular response to oxidative stress / gene expression / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / defense response to Gram-positive bacterium / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Multidrug resistance-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ramaen, O. / Leulliot, N. / Sizun, C. / Ulryck, N. / Pamlard, O. / Lallemand, J.-Y. / van Tilbeurgh, H. / Jacquet, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Human Multidrug Resistance Protein 1 Nucleotide Binding Domain 1 Bound to Mg(2+)/ATP Reveals a Non-Productive Catalytic Site.
著者: Ramaen, O. / Leulliot, N. / Sizun, C. / Ulryck, N. / Pamlard, O. / Lallemand, J.-Y. / Van Tilbeurgh, H. / Jacquet, E.
履歴
登録2006年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MULTIDRUG RESISTANCE-ASSOCIATED PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4333
ポリマ－25,9021
非ポリマー5312
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.560, 65.560, 64.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 MULTIDRUG RESISTANCE-ASSOCIATED PROTEIN 1 / MRP1 / ATP-BINDING CASSETTE SUB- FAMILY C MEMBER 1


分子量: 25901.539 Da / 分子数: 1 / 断片: NBD1 DOMAIN, RESIDUES 642-871 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33527
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MAY PARTICIPATE DIRECTLY IN THE ACTIVE TRANSPORT OF DRUGS INTO SUBCELLULAR ORGANELLES OR INFLUENCE ...MAY PARTICIPATE DIRECTLY IN THE ACTIVE TRANSPORT OF DRUGS INTO SUBCELLULAR ORGANELLES OR INFLUENCE DRUG DISTRIBUTION INDIRECTLY.
配列の詳細ASN642 TO SER871 DOMAIN, 6X HIS C-TERMINAL TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 8% PEG1000, 0.1M MG ACETATE PH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 49722 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XMI

1xmi


解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.145 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 2490 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.161 47194 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 32 284 2068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221817
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1941.9922472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9125229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.12124.45974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.59615302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.741510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9151.51167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4521834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2353733
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5134.5638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 203
Rwork0.25 3489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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