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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cbs | ||||||
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タイトル | CELLULAR RETINOIC ACID BINDING PROTEIN II IN COMPLEX WITH A SYNTHETIC RETINOIC ACID (RO-13 6307) | ||||||
要素 | PROTEIN (CRABP-II) | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / RETINOIC-ACID TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Chaudhuri, B. / Kleywegt, G.J. / Bergfors, T. / Jones, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Structures of cellular retinoic acid binding proteins I and II in complex with synthetic retinoids. 著者: Chaudhuri, B.N. / Kleywegt, G.J. / Broutin-L'Hermite, I. / Bergfors, T. / Senn, H. / Le Motte, P. / Partouche, O. / Jones, T.A. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: Crystal structures of cellular retinoic acid binding proteins I and II in complex with all-trans-retinoic acid and a synthetic retinoid. 著者: Kleywegt, G.J. / Bergfors, T. / Senn, H. / Le Motte, P. / Gsell, B. / Shudo, K. / Jones, T.A. #2: ジャーナル: Adv.Protein Chem. / 年: 1994 タイトル: Lipid-binding proteins: a family of fatty acid and retinoid transport proteins. 著者: Banaszak, L. / Winter, N. / Xu, Z. / Bernlohr, D.A. / Cowan, S. / Jones, T.A. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of recombinant bovine cellular retinoic acid-binding protein. 著者: Bergfors, T. / Kleywegt, G.J. / Jones, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cbs.cif.gz | 41.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cbs.ent.gz | 28.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cbs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2cbs_validation.pdf.gz | 662.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2cbs_full_validation.pdf.gz | 664.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2cbs_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2cbs_validation.cif.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cbs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15581.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PET-1A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29373 |
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#2: 化合物 | ChemComp-R13 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: 20% MONOMETHYL PEG 5000 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop contained equal volume of protein and reservoir solution | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.2 Å / Num. obs: 9683 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 11.6 / % possible all: 97.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 45 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: 1CBS 解像度: 2.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 1271032.11 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 8770 / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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