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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cbe | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF NATIVE AND APO CARBONIC ANHYDRASE II AND SOME OF ITS ANION-LIGAND COMPLEXES | ||||||
要素 | CARBONIC ANHYDRASE II | ||||||
キーワード | LYASE(OXO-ACID) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Hakansson, K. / Carlsson, M. / Svensson, L.A. / Liljas, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Structure of native and apo carbonic anhydrase II and structure of some of its anion-ligand complexes. 著者: Hakansson, K. / Carlsson, M. / Svensson, L.A. / Liljas, A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Structure of Cobalt Carbonic Anhydrase Complexed with Bicarbonate 著者: Hakansson, K. / Wehnert, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET SHEET B1 OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET ...SHEET SHEET B1 OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS *B1A* AND *B1B* ARE DEFINED. STRANDS 5, 6, 7, 8, 9, AND 10 OF B1A ARE IDENTICAL TO STRANDS 2, 3, 4, 5, 6, AND 7 OF B1B, RESPECTIVELY. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cbe.cif.gz | 69 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cbe.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cbe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2cbe_validation.pdf.gz | 409.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2cbe_full_validation.pdf.gz | 415.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2cbe_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2cbe_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cbe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 4, 14, 64, AND 136 ARE DISORDERED AND ARE PRESENTED WITH TWO ALTERNATE CONFORMATIONS IN THIS ENTRY. 2: RESIDUES 30 AND 202 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29183.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | N |
非ポリマーの詳細 | THIS APOENZYME LACKS THE ZINC ION FOUND IN NATIVE CARBONIC ANHYDRASE (RESIDUE NUMBER 262). |
配列の詳細 | RESIDUES 125 AND 127 ARE ADJACENT IN THE SEQUENCE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis / 詳細: used to soak | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 3.31 Å / Num. all: 22513 / Num. obs: 20665 / % possible obs: 91.8 % / Num. measured all: 60658 / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 1.94 Å / % possible obs: 91.8 % / Mean I/σ(I) obs: 21.8 / Num. possible: 3698 / Num. unique obs: 2112 / Num. measured obs: 3476 / Rmerge(I) obs: 0.235 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROFFT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.82→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 20665 / Rfactor obs: 0.158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |