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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cb4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of the mosquitocidal toxin from Bacillus sphaericus, mutant E197Q | ||||||
要素 | MOSQUITOCIDAL TOXIN | ||||||
キーワード | TOXIN / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Clostridium botulinum HA-17 domain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | BACILLUS SPHAERICUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Reinert, D.J. / Carpusca, I. / Aktories, K. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structure of the Mosquitocidal Toxin from Bacillus Sphaericus. 著者: Reinert, D.J. / Carpusca, I. / Aktories, K. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cb4.cif.gz | 737.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cb4.ent.gz | 620.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cb4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2cb4_validation.pdf.gz | 539 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2cb4_full_validation.pdf.gz | 593.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2cb4_validation.xml.gz | 137.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2cb4_validation.cif.gz | 175.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cb4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33153.723 Da / 分子数: 14 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 30-308 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BACILLUS SPHAERICUS (バクテリア) 株: SSII-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q03988 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 197 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 197 TO GLN ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 % |
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結晶化 | pH: 4.3 / 詳細: 0.1 M NA ACETATE (PH 4.3), 4-10% (W/V) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9798 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 316595 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT CSDX_PROTGEO
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK / Bsol: 149 Å2 / ksol: 0.89 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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