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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cb3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of peptidoglycan recognition protein-LE in complex with tracheal cytotoxin (monomeric diaminopimelic acid-type peptidoglycan) | ||||||
要素 | PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / PGRP / TRACHEAL CYTOTOXIN / INNATE IMMUNITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Peptidoglycans (PGN) bind to a peptidoglycan recognition protein receptor, PGRP-LC/LE / Peptidoglycan bound PGRP-LC/LE oligomerises / Assembly of the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Activated IkappaB kinase (IKK) complex, Phospho IRD5:KEY dimer, phosphorylates REL in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / REL binds to DREDD in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Phosphorylated REL is cleaved by and dissociates from DREDD / peptidoglycan recognition protein signaling pathway / Antimicrobial peptides / peptidoglycan immune receptor activity / Neutrophil degranulation ...Peptidoglycans (PGN) bind to a peptidoglycan recognition protein receptor, PGRP-LC/LE / Peptidoglycan bound PGRP-LC/LE oligomerises / Assembly of the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Activated IkappaB kinase (IKK) complex, Phospho IRD5:KEY dimer, phosphorylates REL in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / REL binds to DREDD in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Phosphorylated REL is cleaved by and dissociates from DREDD / peptidoglycan recognition protein signaling pathway / Antimicrobial peptides / peptidoglycan immune receptor activity / Neutrophil degranulation / peptidoglycan binding / positive regulation of innate immune response / positive regulation of phagocytosis / determination of adult lifespan / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / innate immune response / zinc ion binding / extracellular region / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lim, J.-H. / Kim, M.-S. / Oh, B.-H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural Basis for Preferential Recognition of Diaminopimelic Acid-Type Peptidoglycan by a Subset of Peptidoglycan Recognition Proteins 著者: Lim, J.-H. / Kim, M.-S. / Kim, H.-E. / Yano, T. / Oshima, Y. / Aggarwal, K. / Goldman, W.E. / Silverman, N. / Kurata, S. / Oh, B.-H. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cb3.cif.gz | 156.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cb3.ent.gz | 124.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cb3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2cb3_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2cb3_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2cb3_validation.xml.gz | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2cb3_validation.cif.gz | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cb3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ohtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | THE FOUR MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT FORM A REPEATINGUNIT OF AN INFINITE FIBER. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20035.729 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 173-345 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PEPTIDOGLYCAN RECOGNITION PROTEIN-LE IN COMPLEX WITH TRACHEAL CYTOTOXIN 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VXN9 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 化合物 | ChemComp-MLD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 227 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 227 TO SER ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.96 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 66354 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 90.4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OHT 解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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溶媒の処理 | Bsol: 28.5351 Å2 / ksol: 0.374375 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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