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万見
- PDB-2cb3: Crystal structure of peptidoglycan recognition protein-LE in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cb3
タイトルCrystal structure of peptidoglycan recognition protein-LE in complex with tracheal cytotoxin (monomeric diaminopimelic acid-type peptidoglycan)
要素PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
キーワードIMMUNE SYSTEM / PGRP / TRACHEAL CYTOTOXIN / INNATE IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


Peptidoglycans (PGN) bind to a peptidoglycan recognition protein receptor, PGRP-LC/LE / Peptidoglycan bound PGRP-LC/LE oligomerises / Assembly of the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Activated IkappaB kinase (IKK) complex, Phospho IRD5:KEY dimer, phosphorylates REL in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / REL binds to DREDD in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Phosphorylated REL is cleaved by and dissociates from DREDD / peptidoglycan recognition protein signaling pathway / peptidoglycan binding / positive regulation of innate immune response / positive regulation of phagocytosis ...Peptidoglycans (PGN) bind to a peptidoglycan recognition protein receptor, PGRP-LC/LE / Peptidoglycan bound PGRP-LC/LE oligomerises / Assembly of the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Activated IkappaB kinase (IKK) complex, Phospho IRD5:KEY dimer, phosphorylates REL in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / REL binds to DREDD in the PGN:PGRP-LC/LE receptor 'signalling complex' / Phosphorylated REL is cleaved by and dissociates from DREDD / peptidoglycan recognition protein signaling pathway / peptidoglycan binding / positive regulation of innate immune response / positive regulation of phagocytosis / determination of adult lifespan / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MLD / Peptidoglycan-recognition protein LE
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lim, J.-H. / Kim, M.-S. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Preferential Recognition of Diaminopimelic Acid-Type Peptidoglycan by a Subset of Peptidoglycan Recognition Proteins
著者: Lim, J.-H. / Kim, M.-S. / Kim, H.-E. / Yano, T. / Oshima, Y. / Aggarwal, K. / Goldman, W.E. / Silverman, N. / Kurata, S. / Oh, B.-H.
履歴
登録2005年12月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
B: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
C: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
D: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9239
ポリマ－80,1434
非ポリマー3,7805
水3,693205
1
A: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0503
ポリマ－20,0361
非ポリマー1,0142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9582
ポリマ－20,0361
非ポリマー9221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9582
ポリマ－20,0361
非ポリマー9221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9582
ポリマ－20,0361
非ポリマー9221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)217.530, 217.530, 217.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
詳細THE FOUR MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT FORM A REPEATINGUNIT OF AN INFINITE FIBER.

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要素

#1: タンパク質
PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE


分子量: 20035.729 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 173-345 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PEPTIDOGLYCAN RECOGNITION PROTEIN-LE IN COMPLEX WITH TRACHEAL CYTOTOXIN
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VXN9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-MLD / GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA / 2-ACETAMIDO-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE(BETA1-4)-2-ACETAMIDO-1,6-ANHYDRO-3-O-[(R)-1-CARBOXYETHYL]-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE-L-ALANYL-GAMMA-D-GLUTAMYL-MESO-DIAMINOPIMELYL-D-ALANINE


分子量: 921.899 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H59N7O20
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 227 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 227 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 227 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 227 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 227 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 227 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.96 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 66354 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OHT

1oht


解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 3103 5 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.1985 61492 92.3 %-
溶媒の処理Bsol: 28.5351 Å2 / ksol: 0.374375 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5475 0 262 205 5942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005986
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.30458
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4MLD.PAR
X-RAY DIFFRACTION5GLY.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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