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- PDB-2ca9: apo-NIKR from helicobacter pylori in closed trans-conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ca9
タイトルapo-NIKR from helicobacter pylori in closed trans-conformation
要素PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
キーワードTRANSCRIPTION / NICKEL UPTAKE / TRANSCRIPTION REGULATOR / RIBBON-HELIX-HELIX / ACIDIC-ADAPTIVE RESPONSE / TRANSCRIPTIONAL REGULATION / DNA-BINDING / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant ...Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Putative nickel-responsive regulator
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dian, C. / Schauer, K. / Kapp, U. / McSweeney, S.M. / Labigne, A. / Terradot, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis of the Nickel Response in Helicobacter Pylori: Crystal Structures of Hpnikr in Apo and Nickel-Bound States.
著者: Dian, C. / Schauer, K. / Kapp, U. / Mcsweeney, S.M. / Labigne, A. / Terradot, L.
履歴
登録2005年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
B: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,93912
ポリマ－34,3412
非ポリマー59810
水2,288127
1
A: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
B: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
ヘテロ分子

A: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
B: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,87824
ポリマ－68,6814
非ポリマー1,19720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area18050 Å2
ΔGint-92.7 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.055, 71.055, 229.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1148-

FMT

21A-2030-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR


分子量: 17170.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O25896
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TRANSCRIPTIONAL REGULATOR.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化pH: 4.8 / 詳細: 0.9-1 M NA-FORMATE, O.1 M NA-CITRATE PH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→61.55 Å / Num. obs: 24159 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NIKR FROM HELICOBACTER PYLORI SOLVED BY SAD METHOD USING MERCURY DERIVATIVE.

解像度: 2.05→61.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 4.171 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1140 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 21171 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→61.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2171 0 39 127 2337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212344
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9383161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9135292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.21524.444126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.51715429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5451518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3430.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5181.51469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33822277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.343965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1634.5880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.286 85
Rwork0.222 1517

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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