[日本語] English
万見
- PDB-2ca7: Conkunitzin-S1 Is The First Member Of A New Kunitz-Type Neurotoxi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ca7
タイトルConkunitzin-S1 Is The First Member Of A New Kunitz-Type Neurotoxin Family- Structural and Functional Characterization
要素CONKUNITZIN-S1
キーワードTOXIN / CONKUNITZIN / NEUROTOXIN / KUNITZ-TYPE FOLD / POTASSIUM CHANNEL INHIBITOR / KUNITZ-DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel regulator activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Kunitz-type conkunitzin-S1
類似検索 - 構成要素
生物種CONUS STRIATUS (ニシキミナシ)
手法溶液NMR / MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS
データ登録者Bayrhuber, M. / Vijayan, V. / Ferber, M. / Graf, R. / Korukottu, J. / Imperial, J. / Garrett, J.E. / Olivera, B.M. / Terlau, H. / Zweckstetter, M. / Becker, S.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2005
タイトル: Conkunitzin-S1 is the first member of a new Kunitz-type neurotoxin family. Structural and functional characterization.
著者: Bayrhuber, M. / Vijayan, V. / Ferber, M. / Graf, R. / Korukottu, J. / Imperial, J. / Garrett, J.E. / Olivera, B.M. / Terlau, H. / Zweckstetter, M. / Becker, S.
履歴
置き換え2005年12月19日ID: 1YL2
登録2005年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CONKUNITZIN-S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9451
ポリマ－6,9451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: タンパク質 CONKUNITZIN-S1


分子量: 6944.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULFIDE BONDS BETWEEN C7-C57 AND C32-C53 / 由来: (組換発現) CONUS STRIATUS (ニシキミナシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C1X2*PLUS
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容
1100MM SODIUM ACETATE/10% D2O,0.5MM U-15N- CONKUNITZIN-S1
2100MM SODIUM ACETATE/10% D2O, 1MM U-15N/13C- CONKUNITZIN-S1
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 5.2 / 温度: 300.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker OTHERBrukerOTHER6001
Bruker7002
Bruker8003
Bruker9004

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.9.7NILGES M.精密化
XwinNMR3.5構造決定
NMRPipe027.12.56構造決定
NMRDraw2004.245.17.31構造決定
Sparky110構造決定
ARIA2alpha構造決定
CYANA32構造決定
MARS1構造決定
精密化手法: MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る