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- PDB-2c91: mouse succinic semialdehyde reductase, AKR7A5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c91
タイトルmouse succinic semialdehyde reductase, AKR7A5
要素AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDO/KETO REDUCTASE / AKR / SUCCINIC SEMIALDEHYDE REDUCTASE / TARTRATE / GOLGI STACK / NAD / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Aflatoxin activation and detoxification / aldo-keto reductase (NADPH) activity / aldose reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / nuclear envelope / Golgi apparatus / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / L(+)-TARTARIC ACID / Aflatoxin B1 aldehyde reductase member 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhu, X. / Ellis, E.M. / Lapthorn, A.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Mouse Succinic Semialdehyde Reductase Akr7A5: Structural Basis for Substrate Specificity.
著者: Zhu, X. / Lapthorn, A.J. / Ellis, E.M.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002
タイトル: Characterisation of a Novel Mouse Liver Aldo-Keto Reductase Akr7A5
著者: Hinshelwood, A. / Mcgarvie, G. / Ellis, E.
履歴
登録2005年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "IA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "JA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
B: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
C: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
D: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
E: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
F: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
G: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
H: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
I: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
J: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,08062
ポリマ－376,67610
非ポリマー12,40352
水37,9942109
1
A: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8406
ポリマ－37,6681
非ポリマー1,1735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0337
ポリマ－37,6681
非ポリマー1,3656
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0337
ポリマ－37,6681
非ポリマー1,3656
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0337
ポリマ－37,6681
非ポリマー1,3656
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8376
ポリマ－37,6681
非ポリマー1,1705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6534
ポリマ－37,6681
非ポリマー9863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8376
ポリマ－37,6681
非ポリマー1,1705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
H: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7455
ポリマ－37,6681
非ポリマー1,0784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
9
I: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9416
ポリマ－37,6681
非ポリマー1,2735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
10
J: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1288
ポリマ－37,6681
非ポリマー1,4607
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.532, 159.238, 96.698
Angle α, β, γ (deg.)90.02, 119.40, 78.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 369
2112B1 - 369
3112C1 - 369
4112D1 - 369
5112E1 - 369
6112F1 - 369
7112G1 - 369
8112H1 - 369
9112I1 - 369
10112J1 - 369

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.16291, 0.53965, -0.82598), (0.55231, -0.74358, -0.37688), (-0.81757, -0.3948, -0.41919)55.58882, 10.6391, 80.61127
2given(0.202, 0.97799, -0.05225), (0.97739, -0.19791, 0.07438), (0.06241, -0.06609, -0.99586)-65.57173, 11.56627, 65.0894
3given(0.52454, 0.10797, 0.84451), (-0.6601, 0.67805, 0.3233), (-0.53771, -0.72704, 0.42694)-57.87097, -68.84323, 24.44212
4given(-0.99991, -0.01151, -0.00637), (0.00091, -0.54413, 0.839), (-0.01312, 0.83892, 0.5441)12.55283, -45.06129, -64.81061
5given(-0.15571, -0.9874, -0.02815), (-0.55022, 0.11037, -0.82769), (0.82037, -0.11339, -0.56047)33.52959, 63.87856, 34.60317
6given(-0.5183, -0.0982, -0.84954), (-0.09786, -0.98005, 0.17299), (-0.84958, 0.17279, 0.49835)69.26389, 88.61806, 29.04548
7given(0.56444, -0.6878, -0.45644), (0.10672, 0.60911, -0.78588), (0.81855, 0.39487, 0.4172)35.11725, -38.42543, -103.82014
8given(-0.48689, 0.66951, 0.56098), (0.65208, -0.14871, 0.74343), (0.58115, 0.72777, -0.36417)-76.58579, -30.11416, -105.57925
9given(-0.28936, -0.51132, 0.80921), (-0.95516, 0.20971, -0.20904), (-0.06281, -0.83341, -0.54907)54.28667, 21.01304, 120.60841

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 2 / SUCCINIC SEMIALDEHYDE REDUCTASE


分子量: 37667.613 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 器官: LIVER / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q8CG76, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 6種, 2161分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
解説: STATISTICS ARE GOOD TO 2.5A RESOLUTION RMERGE 0.43 IN FINAL SHELL. HOWEVER WEEK DATA EXTENDS TO 2.3A RESOLUTION AND WAS INCLUDED IN THE REFINEMENT.
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SITTING DROP METHOD EQUILIBRATION OF 15 MG/ML AKR7A5, 20MM TRIS-CL PH7.5, 0.5M DITHITHREITOL, 1MM NADP AGAINST 0.2M SODIUM TARTRATE, 7.5% PEG8000 AND 0.1M MES-NAOH PH6.5, pH 6.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月24日 / 詳細: RH COATED SI MIRROR
放射モノクロメーター: SI MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42 Å / Num. obs: 630867 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GVE, CHAIN A

1gve


解像度: 2.3→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 11.094 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAWIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 9982 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.162 188881 89.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-1.22 Å2-0.17 Å2
2---0.99 Å2-0.73 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25471 0 800 2109 28380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02126969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0223493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8891.97936609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.104354690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44653242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63923.6721258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.584154293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.27415183
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.23861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0229884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.025519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.26025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.224604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.212865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.214644
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2580.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1231.520515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.227225675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.153312844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0424.510929
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1871tight positional0.070.05
2B1871tight positional0.050.05
3C1871tight positional0.060.05
4D1871tight positional0.060.05
5E1871tight positional0.060.05
6F1871tight positional0.060.05
7G1871tight positional0.070.05
8H1871tight positional0.050.05
9I1871tight positional0.070.05
10J1871tight positional0.070.05
1A2902medium positional0.440.5
2B2902medium positional0.40.5
3C2902medium positional0.420.5
4D2902medium positional0.360.5
5E2902medium positional0.330.5
6F2902medium positional0.430.5
7G2902medium positional0.410.5
8H2902medium positional0.40.5
9I2902medium positional0.390.5
10J2902medium positional0.370.5
1A1871tight thermal0.180.5
2B1871tight thermal0.140.5
3C1871tight thermal0.170.5
4D1871tight thermal0.190.5
5E1871tight thermal0.190.5
6F1871tight thermal0.160.5
7G1871tight thermal0.180.5
8H1871tight thermal0.150.5
9I1871tight thermal0.160.5
10J1871tight thermal0.150.5
1A2902medium thermal0.882
2B2902medium thermal0.872
3C2902medium thermal0.792
4D2902medium thermal0.972
5E2902medium thermal0.872
6F2902medium thermal0.782
7G2902medium thermal0.932
8H2902medium thermal0.912
9I2902medium thermal0.782
10J2902medium thermal0.772
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.339 812
Rwork0.265 14808
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01370.0828-0.11460.8082-0.39820.69320.0091-0.0757-0.10570.09960.00490.11420.0355-0.1184-0.014-0.06980.0079-0.0022-0.0901-0.0005-0.13086.84219.203515.4009
21.58570.11110.19880.85340.05821.23120.17720.2324-0.4551-0.0555-0.0261-0.04450.19410.1242-0.15110.01370.061-0.1091-0.0015-0.16760.112244.57290.525568.1492
31.19760.2973-0.27270.7428-0.06460.8827-0.02480.01280.0022-0.0155-0.0319-0.10830.01310.10040.0567-0.1162-0.00280.05260.04650.0485-0.06959.210674.560845.5317
40.32710.18640.23450.97080.22110.5344-0.05470.07490.0480.01540.04370.09610.0325-0.00440.0109-0.11630.01480.0467-0.11520.0284-0.1247-12.702266.47976.0073
50.75950.35170.00310.9599-0.02510.12920.03560.0391-0.04040.10570.0197-0.0495-0.01060.0386-0.0553-0.05790.02440.0187-0.1169-0.0072-0.16784.723137.81989.1994
60.7542-0.0055-0.10590.9350.41181.13930.07920.0902-0.0692-0.1048-0.03730.0366-0.0256-0.0469-0.0419-0.02440.0447-0.01510.029-0.0599-0.150718.483722.504356.7719
70.5892-0.2030.09730.87670.31840.9403-0.0569-0.12130.09360.13910.01840.0378-0.0990.01230.0384-0.11360.01130.0158-0.09130.0075-0.079351.722881.606832.496
81.5405-0.00650.43260.71430.12731.2176-0.15830.29770.3637-0.0857-0.0195-0.0691-0.20910.2120.1778-0.0214-0.1179-0.05360.06440.1650.079486.666695.566225.3083
90.93830.1058-0.09711.43390.02281.04420.0391-0.11590.00040.3008-0.0577-0.1422-0.0142-0.00170.01850.0221-0.0095-0.0697-0.11640.0427-0.035155.3402138.047131.9675
100.88920.1019-0.13491.49990.00910.99130.0124-0.06030.07650.039-0.00780.3508-0.0016-0.0863-0.0046-0.08660.0243-0.0153-0.11650.00920.078331.6269109.49121.8375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 327
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 327
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 327
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 327
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 327
7X-RAY DIFFRACTION7G4 - 327
8X-RAY DIFFRACTION8H4 - 327
9X-RAY DIFFRACTION9I4 - 327
10X-RAY DIFFRACTION10J4 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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