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万見
- PDB-2c7w: Crystal Structure of human vascular endothelial growth factor-B: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c7w
タイトルCrystal Structure of human vascular endothelial growth factor-B: Identification of amino acids important for angiogeninc activity
要素VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B PRECURSOR
キーワードGROWTH FACTOR / VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR-B / ANGIOGENESIS / CYSTEINE-KNOT MOTIF / TYROSINE KINASE / ISCHEMIA / MITOGEN / GLYCOPROTEIN / HEPARIN-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of vascular wound healing / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / induction of positive chemotaxis / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / coronary vasculature development / protein O-linked glycosylation / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway ...positive regulation of vascular wound healing / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / induction of positive chemotaxis / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / coronary vasculature development / protein O-linked glycosylation / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / chemoattractant activity / positive regulation of cell division / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cardiac muscle contraction / positive regulation of endothelial cell proliferation / platelet alpha granule lumen / growth factor activity / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Platelet degranulation / heparin binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Iyer, S. / Scotney, P.D. / Nash, A.D. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Human Vascular Endothelial Growth Factor-B: Identification of Amino Acids Important for Receptor Binding
著者: Iyer, S. / Scotney, P.D. / Nash, A.D. / Acharya, K.R.
履歴
登録2005年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B PRECURSOR
B: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4323
ポリマ－22,3142
非ポリマー1181
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.806, 120.806, 39.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B PRECURSOR / VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR-B / VEGF-B / VEGF RELATED FACTOR


分子量: 11157.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P49765
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細WORK AS A GROWTH FACTOR FOR ENDOTHELIAL CELLS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化pH: 6.8
詳細: 0.1M HEPES (PH 6.8), 0.5M AMMONIUM SULPHATE 50%, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→40 Å / Num. obs: 12054 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 43.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.48→2.57 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VPF

2vpf


解像度: 2.48→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 441769.31 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 712 5.9 %RANDOM
Rwork0.286 ---
obs0.286 10937 90.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.1563 Å2 / ksol: 0.379841 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1392 0 8 74 1474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.57 Å / Rfactor Rwork: 0.312 / Total num. of bins used: 6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MPD.PARAMMPD.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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