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- PDB-2c7f: The Structure of a family 51 arabinofuranosidase, Araf51, from Cl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c7f
タイトルThe Structure of a family 51 arabinofuranosidase, Araf51, from Clostridium thermocellum in complex with 1,5-alpha-L-Arabinotriose.
要素ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
キーワードHYDROLASE / ARABINOFURANOSIDASE / GLYCOSIDASE / XYLAN / ARABINAN
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like ...Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase / :
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Taylor, E.J. / Smith, N.L. / Turkenburg, J.P. / D'Souza, S. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2006
タイトル: Structural Insight Into the Ligand Specificity of a Thermostable Family 51 Arabinofuranosidase, Araf51, from Clostridium Thermocellum.
著者: Taylor, E.J. / Smith, N.L. / Turkenburg, J.P. / D'Souza, S. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2005年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02017年6月14日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sense / _struct_sheet_order.sheet_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
B: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
C: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
D: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
E: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
F: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,23921
ポリマ－353,4586
非ポリマー2,78115
水2,108117
1
A: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5105
ポリマ－58,9101
非ポリマー6014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2543
ポリマ－58,9101
非ポリマー3442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3863
ポリマ－58,9101
非ポリマー4762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3863
ポリマ－58,9101
非ポリマー4762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4484
ポリマ－58,9101
非ポリマー5383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2543
ポリマ－58,9101
非ポリマー3442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)173.341, 173.341, 272.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 1000
2111B1 - 1000
3111C1 - 1000
4111D1 - 1000
5111E1 - 1000
6111F1 - 1000

-
要素

#1: タンパク質
ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE / ARABINOFURANOSIDASE


分子量: 58909.719 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
株: F1 / YS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4CJG5, UniProt: A3DIH0*PLUS, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 多糖
alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-5LArafa1-5LArafa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a211h-1a_1-4]/1-1-1/a5-b1_b5-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C5O4>]{[(1+1)][a-L-Araf]{[(5+1)][a-L-Araf]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-5LArafa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a211h-1a_1-4]/1-1/a5-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Araf]{[(5+1)][a-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 173 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 173 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 173 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 173 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 173 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 173 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, GLU 173 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, GLU 173 TO ALA
配列の詳細THE SEQUENCE SHOWN HERE IS DERIVED FROM AN EMBL/GENBANK/DDBJ WHOLE GENOME SHOTGUN (WGS) ENTRY WHICH ...THE SEQUENCE SHOWN HERE IS DERIVED FROM AN EMBL/GENBANK/DDBJ WHOLE GENOME SHOTGUN (WGS) ENTRY WHICH IS PRELIMINARY DATA. THE N-TERMINAL MGSSHHHHHH IS DERIVED FROM THE CLONING VECTOR PET 28A. THE PBD IS NUMBERED AS THE UNIPROT SEQUENCE Q4CJG5 BEGINNING AT RESIDUES MKKARMTVDKDY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 %
結晶化詳細: 5.0M SODIUM ACETATE,0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5,5% DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月7日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND MONOCHROMATORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→59.76 Å / Num. obs: 113914 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.7→145.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 29.895 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.955 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 5684 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.243 108059 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→145.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23734 0 186 117 24037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02224514
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.95333210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg16.82852968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.36824.551189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.982154197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.12115138
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.23602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.211577
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.216342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2943
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4170.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0411.515295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.064223927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.163310689
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2974.59283
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3852 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.040.05
2Btight positional0.050.05
3Ctight positional0.040.05
4Dtight positional0.040.05
5Etight positional0.040.05
6Ftight positional0.040.05
1Atight thermal0.010.5
2Btight thermal0.010.5
3Ctight thermal0.010.5
4Dtight thermal0.010.5
5Etight thermal0.010.5
6Ftight thermal0.010.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 412 -
Rwork0.35 7841 -
obs--98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31150.26110.2571.7434-0.56642.2877-0.0191-0.2297-0.02230.55830.04280.0104-0.0992-0.078-0.0237-0.01510.0622-0.0006-0.20590.0415-0.192724.6731.32-36.303
23.0268-0.0549-0.12871.6412-0.18281.00170.10180.44120.5205-0.2340.0680.1952-0.2018-0.3127-0.1698-0.1280.0577-0.06810.01810.0415-0.109710.51443.597-88.34
32.06770.1852-0.58261.31740.36272.86180.05630.6352-0.0084-0.2439-0.0516-0.0339-0.1351-0.1308-0.0047-0.16440.03190.0314-0.0380.0091-0.17352.72860.99-100.103
41.50280.0253-0.34872.7916-0.02011.09380.0077-0.18230.21620.41650.11010.4074-0.3728-0.1713-0.11780.07380.0656-0.0092-0.1895-0.0573-0.118243.08773.116-47.387
51.71820.19990.78071.9455-0.39032.68220.1383-0.052-0.18680.281-0.0302-0.50650.53580.5165-0.1081-0.07520.1243-0.1459-0.0171-0.1054-0.046380.24834.822-60.335
61.81380.1754-0.58961.61330.90612.8361-0.06150.2653-0.4672-0.09870.1651-0.16640.37250.4051-0.1036-0.01570.0798-0.0917-0.1683-0.1217-0.068148.2814.355-78.612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 502
2X-RAY DIFFRACTION1A1503 - 1506
3X-RAY DIFFRACTION2B3 - 502
4X-RAY DIFFRACTION2B1503 - 1506
5X-RAY DIFFRACTION3C4 - 502
6X-RAY DIFFRACTION3C1503 - 1506
7X-RAY DIFFRACTION4D4 - 502
8X-RAY DIFFRACTION4D1503 - 1507
9X-RAY DIFFRACTION5E3 - 502
10X-RAY DIFFRACTION5E1503 - 1507
11X-RAY DIFFRACTION6F3 - 501
12X-RAY DIFFRACTION6F1503 - 1505

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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