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- PDB-2c79: The structure of a family 4 acetyl xylan esterase from Clostridiu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c79
タイトルThe structure of a family 4 acetyl xylan esterase from Clostridium thermocellum in complex with a colbalt ion.
要素GLYCOSIDE HYDROLASE, FAMILY 11\:CLOSTRIDIUM CELLULOSOME ENZYME, DOCKERIN TYPE I\:POLYSACCHARIDE
キーワードHYDROLASE / ACETYL-XYLAN / ESTERASES / METAL-ION
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 ...Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11/12 / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / endo-1,4-beta-xylanase / :
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Taylor, E.J. / Turkenburg, P.J. / Vincent, F. / Brzozowski, A.M. / Gloster, T.M. / Dupont, C. / Shareck, F. / Centeno, M.S.J. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. ...Taylor, E.J. / Turkenburg, P.J. / Vincent, F. / Brzozowski, A.M. / Gloster, T.M. / Dupont, C. / Shareck, F. / Centeno, M.S.J. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Biely, P. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure and Activity of Two Metal-Ion Dependent Acetyl Xylan Esterases Involved in Plant Cell Wall Degradation Reveals a Close Similarity to Peptidoglycan Deacetylases.
著者: Taylor, E.J. / Gloster, T.M. / Turkenburg, P.J. / Vincent, F. / Brzozowski, A.M. / Dupont, C. / Shareck, F. / Centeno, M.S.J. / Prates, J.A.M. / Puchart, V. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G. ...著者: Taylor, E.J. / Gloster, T.M. / Turkenburg, P.J. / Vincent, F. / Brzozowski, A.M. / Dupont, C. / Shareck, F. / Centeno, M.S.J. / Prates, J.A.M. / Puchart, V. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Biely, P. / Davies, G.J.
履歴
登録2005年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年12月13日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOSIDE HYDROLASE, FAMILY 11\:CLOSTRIDIUM CELLULOSOME ENZYME, DOCKERIN TYPE I\:POLYSACCHARIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9892
ポリマ－23,9301
非ポリマー591
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.775, 105.775, 35.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2004-

HOH

21A-2011-

HOH

31A-2012-

HOH

41A-2239-

HOH

51A-2240-

HOH

61A-2243-

HOH

71A-2245-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GLYCOSIDE HYDROLASE, FAMILY 11\:CLOSTRIDIUM CELLULOSOME ENZYME, DOCKERIN TYPE I\:POLYSACCHARIDE / ACETYL XYLAN ESTERASE


分子量: 23930.213 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 480-683 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
株: F1 / YS / プラスミド: PET 21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q4CFF1, UniProt: O87119*PLUS, acetylxylan esterase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE N-TERMINAL RESIDUES PAN AND C-TERMINAL RESIDUES LEHHHHHH ARE DERIVED FROM THE CLONING VECTOR PET 21A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.19 %
結晶化詳細: 0.2M MGCL2,20% PEG 3350 FOLLOWED BY A 5MM COCL2 SOAK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月5日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→37.4 Å / Num. obs: 32768 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 13 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C71

2c71


解像度: 1.5→74.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.714 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 1656 5.1 %RANDOM
Rwork0.13 ---
obs0.132 31066 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→74.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1587 0 1 335 1923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221783
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6631.9672460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7025241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71123.81676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77615303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6171514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2950.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9851.51146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.75521867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0553688
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4894.5587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.194 113
Rwork0.102 2271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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