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万見
- PDB-2c6x: Structure of Bacillus subtilis citrate synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c6x
タイトルStructure of Bacillus subtilis citrate synthase
要素CITRATE SYNTHASE 1
キーワードTRANSFERASE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE / CITRATE SYNTHASE / ALLOSTERIC ENZYME / BACILLUS SUBTILIS / ENZYME THERMOSTABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / : / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain ...Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / COENZYME A / Citrate synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Vogl, C. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Crennell, S.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Domain Closure in Citrate Synthases Adapted to the Range of Biological Temperatures
著者: Vogl, C. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Crennell, S.J.
履歴
登録2005年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CITRATE SYNTHASE 1
B: CITRATE SYNTHASE 1
C: CITRATE SYNTHASE 1
D: CITRATE SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,54312
ポリマ－162,7054
非ポリマー3,8398
水00
1
A: CITRATE SYNTHASE 1
B: CITRATE SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2726
ポリマ－81,3522
非ポリマー1,9194
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: CITRATE SYNTHASE 1
D: CITRATE SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2726
ポリマ－81,3522
非ポリマー1,9194
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.504, 185.563, 82.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.14882, -0.96021, 0.23634), (-0.96339, -0.19469, -0.18434), (0.22301, -0.20026, -0.95402)-4.11307, 10.02055, 62.42325
2given(-0.99715, 0.05461, -0.05207), (-0.05308, -0.99813, -0.03027), (-0.05362, -0.02742, 0.99818)3.72114, 142.06503, -0.26935
3given(-0.19478, 0.9574, -0.21317), (0.94984, 0.23833, 0.20248), (0.24466, -0.16304, -0.9558)5.7763, 130.47935, 61.62028

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要素

#1: タンパク質
CITRATE SYNTHASE 1 / CITRATE SYNTHASE I


分子量: 40676.176 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES, 2-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / Variant: DSM 402 / プラスミド: PREC7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MOB154 / 参照: UniProt: P39119, citrate (Si)-synthase
#2: 化合物
ChemComp-COZ / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
配列の詳細ONE CHANGE INTRODUCED IN CLONING, RESIDUE 94 IS L INSTEAD OF V

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.1M LI2SO4, 0.1M TRIS PH8.0, 30%PEG4K, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月12日 / 詳細: MSCOSMIC BLUE MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→29.8 Å / Num. obs: 20446 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.72
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A59

1a59


解像度: 3.4→29.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1336326.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 1048 5.1 %RANDOM
Rwork0.284 ---
obs0.284 20410 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.240453 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.47 Å20 Å2-0.65 Å2
2---11.85 Å20 Å2
3---1.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11428 0 244 0 11672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.53
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 160 5 %
Rwork0.345 3059 -
obs--91.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2COZ_NEWH.PARCOZ_NEWH.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CIT_XPLOR.PARCIT_XPLOR.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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