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- PDB-2c6w: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A (PBP-1A) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c6w
タイトルPENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A (PBP-1A) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
要素(PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A) x 2
キーワードPEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL / PENICILLIN-BINDING / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CELL SHAPE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic ...peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily ...Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Contreras-Martel, C. / Job, V. / Di Guilmi, A.-M. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Dessen, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Penicillin-Binding Protein 1A (Pbp1A) Reveals a Mutational Hotspot Implicated in Beta-Lactam Resistance in Streptococcus Pneumoniae.
著者: Contreras-Martel, C. / Job, V. / Di Guilmi, A.-M. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Dessen, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structural Studies of the Transpeptidase Domain of Pbp1A from Streptococcus Pneumoniae
著者: Job, V. / Di Guilmi, A.-M. / Martin, L. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Dessen, A.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1998
タイトル: Identification, Purification, and Charactherization of Transpeptidase and Glycosyltransferase Domains of Streptococcus Pneumoniae Penicillin-Binding Protein 1A
著者: Di Guilmi, A.-M. / Mouz, N. / Andrieu, J.-P. / Hoskins, J. / Jaskunas, S.R. / Gagnon, J. / Dideberg, O. / Vernet, T.
履歴
登録2005年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A
B: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2429
ポリマ－44,9042
非ポリマー3387
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.782, 187.256, 51.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細PBP-1A IS A MONOMER IN SOLUTION, BUT SINCE IN THIS ENTRYTHERE IS A CLEAVED PEPTIDE FROM THE SAME PROTEIN (CHAIN A)ASSOCIATED WITH THE TRANSPEPTIDASE DOMAIN OFPBP-1A (CHAIN B), THE ENTRY IS MARKED AS DIMERIC.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A / PBP-1A / EXPORTED PROTEIN 2


分子量: 1825.027 Da / 分子数: 1 / 断片: GLYCOSYLTRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 51-66 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / プラスミド: PJAH143 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: Q8DR59
#2: タンパク質 PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1A / PBP-1A / EXPORTED PROTEIN 2


分子量: 43078.492 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANSPEPTIDASE DOMAIN, RESIDUES 267-650 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / プラスミド: PJAH143 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: Q8DR59
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CELL WALL FORMATION
配列の詳細EXTRA PEPTIDE FROM THE GLYLOSYLTRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 51-66. THE SEQUENCE IN THE SEQRES ...EXTRA PEPTIDE FROM THE GLYLOSYLTRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 51-66. THE SEQUENCE IN THE SEQRES RECORDS BELOW IS THE OBSERVED SEQUENCE AND THAT REPORTED BY A.-M.DI GUILMI ET AL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 13% PEG1000, 50MM NACL, 5MM ZNSO4, 50MM TRIS PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.964
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→50 Å / Num. obs: 15084 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 72.7 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.61→2.77 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 72.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C5W

2c5w


解像度: 2.61→44.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 3749779.78 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 779 4.9 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 15917 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.5283 Å2 / ksol: 0.349369 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 68.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.5 Å20 Å20 Å2
2---21.92 Å20 Å2
3---35.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3125 0 7 35 3167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.492.5
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 100 4.3 %
Rwork0.411 2228 -
obs--85.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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