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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c6h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YC-17-bound cytochrome P450 PikC (CYP107L1) | ||||||
![]() | CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / PIKC / CYP107L1 / MACROLIDE MONOOXYGENASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / HEME / IRON / METAL-BINDING / MONOOXYGENASE / OXIDOREDUCTASE ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sherman, D.H. / Li, S. / Yermalitskaya, L.V. / Kim, Y. / Smith, J.A. / Waterman, M.R. / Podust, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structural Basis for Substrate Anchoring, Active Site Selectivity, and Product Formation by P450 Pikc from Streptomyces Venezuelae. 著者: Sherman, D.H. / Li, S. / Yermalitskaya, L.V. / Kim, Y. / Smith, J.A. / Waterman, M.R. / Podust, L.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.99983, 0.0182, 0.00149), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48268.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET28A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | FIRST 20 RESIDUES INCLUDING 6X HIS-TAG AND THROMBIN CLEAVAGE SITE ARE FROM THE CLONING VECTOR PET28A | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 30% PEG MME 5000, 0.1 M MES, 6.5, 0.5 MM DTT, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 1 MM YC-17, pH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月17日 詳細: SAGITTAL FOCUSING CRYSTAL AND VERTICALLY FOCUSING DOUBLE MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI (220) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.72196 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 41228 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 95.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BVJ 解像度: 2.35→49.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 377379.43 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE OMMITED FROM THE STRUCTURE
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.3702 Å2 / ksol: 0.365531 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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