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- PDB-2c5r: The structure of phage phi29 replication organizer protein p16.7 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c5r
タイトルThe structure of phage phi29 replication organizer protein p16.7 in complex with double stranded DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP)-3'
  • EARLY PROTEIN P16.7
キーワードDNA-BINDING PROTEIN/DNA / DNA-BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA-BINDING PROTEIN / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / host cell membrane / DNA replication / host cell plasma membrane / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Phage phi29 replication organiser protein p16.7-like / Bacteriophage DNA replication protein Gp16.7 / Bacteriophage DNA replication protein Gp16.7 superfamily / Bacteriophage phi-29 early protein GP16.7 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA replication protein 16.7
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS PHAGE PHI29 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Albert, A. / Jimenez, M. / Munoz-Espin, D. / Asensio, J.L. / Hermoso, J.A. / Salas, M. / Meijer, W.J.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis for Membrane Anchorage of Viral Phi 29 DNA During Replication.
著者: Albert, A. / Munoz-Espin, D. / Jimenez, M. / Asensio, J.L. / Hermoso, J.A. / Salas, M. / Meijer, W.J.J.
履歴
登録2005年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EARLY PROTEIN P16.7
B: EARLY PROTEIN P16.7
C: EARLY PROTEIN P16.7
D: EARLY PROTEIN P16.7
E: EARLY PROTEIN P16.7
F: EARLY PROTEIN P16.7
Y: 5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP)-3'
Z: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4838
ポリマ－52,4838
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.505, 72.111, 127.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A8 - 62
2116B8 - 62
3116C8 - 62
4116D8 - 62
5116E8 - 62
6116F8 - 62

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99855, -0.02281, 0.04882), (-0.02807, -0.5533, -0.83251), (0.04601, -0.83267, 0.55186)39.73845, 27.39048, 13.62338
2given(-0.99826, -0.02638, -0.05282), (0.02369, -0.99842, 0.05092), (-0.05408, 0.04958, 0.9973)34.55003, 32.3389, -0.1936
3given(0.99349, 0.08124, -0.07982), (0.03338, 0.4624, 0.88604), (0.10889, -0.88294, 0.45668)-6.12134, 6.05816, 13.32267
4given(-0.98594, -0.13266, 0.10163), (-0.15831, 0.54668, -0.82224), (0.05352, -0.82677, -0.55999)45.94772, 12.68644, 16.75061
5given(0.99566, 0.04772, 0.07988), (0.05032, 0.44592, -0.89366), (-0.07827, 0.8938, 0.44158)4.79002, 10.35376, -11.41956

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要素

#1: タンパク質
EARLY PROTEIN P16.7


分子量: 7937.970 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 64-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DSDNA AND SSDNA BINDING PROTEIN / 由来: (組換発現) BACILLUS PHAGE PHI29 (ファージ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P16517
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP)-3'


分子量: 2387.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP)-3'


分子量: 2467.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 12368 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BNK

2bnk


解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 22.38 / SU ML: 0.418 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.47 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 960 7.2 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.254 12386 95.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3156 328 0 51 3535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0213558
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2182.0874874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.95372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.21598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2520.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4770.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3971.51890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70723066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.12831668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7624.51808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 459 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.195
2Bloose positional0.215
3Cloose positional0.195
4Dloose positional0.225
5Eloose positional0.215
6Floose positional0.355
1Aloose thermal1.1710
2Bloose thermal1.210
3Cloose thermal1.0210
4Dloose thermal1.0210
5Eloose thermal1.1810
6Floose thermal1.2510
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.394 67
Rwork0.315 864
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0447-1.2069-0.33634.30771.42672.7576-0.269-0.1114-0.0341-0.05580.12390.050.0022-0.18430.14510.0542-0.05660.10140.34-0.05840.197520.149.702514.2285
279.14423.3714-8.62930.54860.263330.0794-2.1194-0.2171.2836-0.72671.3863-1.3732-0.92130.02550.7331.3280.1334-0.07310.7389-0.02050.747119.924618.044-1.5662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 69
2X-RAY DIFFRACTION1B7 - 69
3X-RAY DIFFRACTION1C7 - 69
4X-RAY DIFFRACTION1D7 - 69
5X-RAY DIFFRACTION1E7 - 69
6X-RAY DIFFRACTION1F7 - 69
7X-RAY DIFFRACTION2Y9 - 16
8X-RAY DIFFRACTION2Z1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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