[日本語] English
万見
- PDB-2c5d: Structure of a minimal Gas6-Axl complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c5d
タイトルStructure of a minimal Gas6-Axl complex
要素
  • GROWTH-ARREST-SPECIFIC PROTEIN 6 PRECURSOR
  • TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR UFO
キーワードSIGNALING PROTEIN/RECEPTOR / GROWTH REGULATION-COMPLEX / VITAMIN K-DEPENDENT PROTEIN / LAMININ G-LIKE DOMAIN / RECEPTOR TYROSINE KINASE / IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN / GROWTH REGULATION / EGF-LIKE DOMAIN / RECEPTOR / SIGNALING PROTEIN-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of renal albumin absorption / cellular response to vitamin K / forebrain cell migration / positive regulation of glomerular filtration / positive regulation of natural killer cell differentiation / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / B cell chemotaxis / negative regulation of lymphocyte activation / cellular response to interferon-alpha ...negative regulation of oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of renal albumin absorption / cellular response to vitamin K / forebrain cell migration / positive regulation of glomerular filtration / positive regulation of natural killer cell differentiation / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / B cell chemotaxis / negative regulation of lymphocyte activation / cellular response to interferon-alpha / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of pinocytosis / myeloid cell apoptotic process / extracellular matrix assembly / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / dendritic cell differentiation / : / negative regulation of interleukin-1 production / secretion by cell / positive regulation of viral life cycle / negative regulation of biomineral tissue development / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic cell clearance / erythrocyte homeostasis / ovulation cycle / fibroblast apoptotic process / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / cell-substrate adhesion / phosphatidylserine binding / myosin heavy chain binding / negative regulation of interleukin-6 production / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / vagina development / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of TOR signaling / response to axon injury / positive regulation of protein kinase activity / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase binding / phagocytosis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / positive regulation of phagocytosis / cell maturation / cellular response to starvation / activation of protein kinase B activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / viral genome replication / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of protein export from nucleus / platelet alpha granule lumen / establishment of localization in cell / protein localization to plasma membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to glucose stimulus / calcium ion transmembrane transport / Post-translational protein phosphorylation / neuron migration / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / receptor protein-tyrosine kinase / receptor tyrosine kinase binding / platelet activation / cellular response to growth factor stimulus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to hydrogen peroxide / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / blood coagulation / cell migration / actin cytoskeleton / cellular response to xenobiotic stimulus / Platelet degranulation / protein-macromolecule adaptor activity / virus receptor activity / nervous system development / spermatogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / protein tyrosine kinase activity / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Laminin G domain / Complement Clr-like EGF domain / Laminin G domain / Complement Clr-like EGF-like / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / : ...Laminin G domain / Complement Clr-like EGF domain / Laminin G domain / Complement Clr-like EGF-like / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / : / Calcium-binding EGF domain / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Immunoglobulin domain / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / Jelly Rolls - #200 / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Jelly Rolls / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Tyrosine-protein kinase receptor UFO / Growth arrest-specific protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sasaki, T. / Knyazev, P.G. / Clout, N.J. / Cheburkin, Y. / Goehring, W. / Ullrich, A. / Timpl, R. / Hohenester, E.
引用
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of a C-Terminal Fragment of Growth Arrest-Specific Protein Gas6
著者: Sasaki, T. / Knyazev, P.G. / Cheburkin, Y. / Goehring, W. / Tisi, D. / Ullrich, A. / Timpl, R. / Hohenester, E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Ligand Recognition and Homophilic Interactions in Tyro3
著者: Heiring, C. / Dahlback, B. / Muller, Y.A.
履歴
登録2005年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GROWTH-ARREST-SPECIFIC PROTEIN 6 PRECURSOR
B: GROWTH-ARREST-SPECIFIC PROTEIN 6 PRECURSOR
C: TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR UFO
D: TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR UFO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,62011
ポリマ－135,4784
非ポリマー1,1427
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)292.951, 292.951, 63.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.07122, 0.99736, 0.01392), (0.99745, -0.07115, -0.0052), (-0.00419, 0.01426, -0.99989)-1.68797, 1.21185, 183.00417
2given(0.07122, 0.99736, 0.01392), (0.99745, -0.07115, -0.0052), (-0.00419, 0.01426, -0.99989)-1.68797, 1.21185, 183.00417

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 GROWTH-ARREST-SPECIFIC PROTEIN 6 PRECURSOR / GAS-6


分子量: 46615.352 Da / 分子数: 2 / 断片: LG DOMAINS, RESIDUES 207-624 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q14393
#2: タンパク質 TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR UFO / AXL ONCOGENE


分子量: 21123.408 Da / 分子数: 2 / 断片: IG DOMAINS, RESIDUES 26-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PASK-IBA12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30530, EC: 2.7.1.112

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 47655 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1H30 AND 1RHF

1h30

1rhf


解像度: 3.3→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2653 2384 5 %RANDOM
Rwork0.2409 ---
obs0.2409 47648 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.209994 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.163 Å2-6.701 Å20 Å2
2---7.163 Å20 Å2
3---14.325 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8814 0 65 0 8879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.52.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る