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- PDB-2c5c: Shiga-like toxin 1 B subunit complexed with a bivalent inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c5c
タイトルShiga-like toxin 1 B subunit complexed with a bivalent inhibitor
要素SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
キーワードTOXIN / BACTERIAL EXOTOXIN / GB3 BINDING ACTIVITY / BIVALENT LIGAND / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated modulation of host virulence / symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-galactopyranose / DIETHYL PROPANE-1,3-DIYLBISCARBAMATE / Shiga-like toxin 1 subunit B / Shiga-like toxin 1 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種BACTERIOPHAGE H30 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Dodd, R.B. / Read, R.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Extensive Cross-Linking of the Shiga-Like Toxin 1 B Subunit by a Bivalent Ligand
著者: Dodd, R.B. / Read, R.J.
履歴
登録2005年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02018年12月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.label_alt_id / _pdbx_validate_chiral.label_alt_id
改定 2.12020年7月1日Group: Data collection / Other / カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status
Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 3.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
B: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
C: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
D: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
E: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
F: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
G: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
H: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
I: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
J: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,12440
ポリマ－76,98610
非ポリマー11,13830
水32418
1
A: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
B: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
C: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
D: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
E: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,11322
ポリマ－38,4935
非ポリマー6,62017
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
F: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
G: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
H: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
I: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
J: SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,01118
ポリマ－38,4935
非ポリマー4,51813
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)114.313, 114.313, 406.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-1075-

S10

21I-1075-

S10

31I-1076-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
12B
22C
32D
42E
52F
62G
72H
82J

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRCYSCYSAA1 - 571 - 57
211THRTHRCYSCYSBB1 - 571 - 57
311THRTHRCYSCYSCC1 - 571 - 57
411THRTHRCYSCYSDD1 - 571 - 57
511THRTHRCYSCYSEE1 - 571 - 57
611THRTHRCYSCYSFF1 - 571 - 57
711THRTHRCYSCYSGG1 - 571 - 57
811THRTHRCYSCYSHH1 - 571 - 57
911THRTHRCYSCYSII1 - 571 - 57
1011THRTHRCYSCYSJJ1 - 571 - 57
121ASNASNARGARGAA59 - 6959 - 69
221ASNASNARGARGBB59 - 6959 - 69
321ASNASNARGARGCC59 - 6959 - 69
421ASNASNARGARGDD59 - 6959 - 69
521ASNASNARGARGEE59 - 6959 - 69
621ASNASNARGARGFF59 - 6959 - 69
721ASNASNARGARGGG59 - 6959 - 69
821ASNASNARGARGHH59 - 6959 - 69
921ASNASNARGARGII59 - 6959 - 69
1021ASNASNARGARGJJ59 - 6959 - 69
112HISHISHISHISBB5858
212HISHISHISHISCC5858
312HISHISHISHISDD5858
412HISHISHISHISEE5858
512HISHISHISHISFF5858
612HISHISHISHISGG5858
712HISHISHISHISHH5858
812HISHISHISHISJJ5858

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.91166, 0.04683, 0.40827), (0.36273, 0.37524, -0.85301), (-0.19314, 0.92574, 0.32511)-13.751, 63.27806, -42.65457
2given(0.76974, 0.44027, 0.46224), (0.63166, -0.62995, -0.45186), (0.09225, 0.63979, -0.76299)-40.90538, 118.40041, 4.29065
3given(0.76283, 0.6399, 0.09281), (0.43842, -0.61737, 0.65317), (0.47527, -0.45757, -0.7515)-44.36223, 88.89023, 75.9406
4given(0.9119, 0.36509, -0.18748), (0.0321, 0.39197, 0.91942), (0.40916, -0.84443, 0.34571)-19.03626, 15.66436, 72.56673
5given(-0.81352, -0.52074, 0.25887), (-0.57128, 0.63236, -0.52323), (0.10877, -0.57354, -0.81192)-43.62953, -0.70352, 97.60992
6given(-0.7132, -0.69006, -0.12314), (-0.61522, 0.53204, 0.58175), (-0.33593, 0.49067, -0.80399)-12.31191, -36.22935, -2.66696
7given(-0.80837, -0.40216, -0.42989), (-0.21209, -0.48226, 0.84996), (-0.54914, 0.77826, 0.30455)-26.87077, 48.38424, -74.84479
8given(-0.97141, -0.06117, -0.22939), (0.08516, -0.99171, -0.0962), (-0.2216, -0.11299, 0.96857)-67.2111, 134.93152, -17.59924
9given(-0.96953, -0.14318, 0.19875), (-0.14628, -0.3124, -0.93862), (0.19648, -0.9391, 0.28194)-76.84586, 104.46944, 88.46944

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT / VEROTOXIN 1 SUBUNIT B


分子量: 7698.634 Da / 分子数: 10 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN, RESIDUES 21-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE H30 (ファージ) / 解説: ISOLATED FROM E. COLI O157 H7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P69179, UniProt: P69178*PLUS

-
糖 , 5種, 21分子

#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 27分子

#6: 化合物
ChemComp-S10 / DIETHYL PROPANE-1,3-DIYLBISCARBAMATE


分子量: 218.250 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18N2O4
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細B-CHAIN IS RESPONSIBLE FOR BINDING THE HOLOTOXIN TO SPECIFIC RECEPTORS ON THE TARGET CELL SURFACE
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN IS SYNTHESISED WITH A 20 RESIDUE LEADER SEQUENCE WHICH IS POST-TRANSLATIONALLY CLEAVED.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 %
解説: 1QNU WAS STRIPPED OF LIGANDS PRIOR TO INPUT AS THE MR SEARCH MODEL. ALTHOUGH THE HIGH RESOLUTION DATA HAVE POOR STATISTICS, AN ANALYSIS OF SIGMAA VALUES INDICATED A SIGNIFICANT CORRELATION OF ...解説: 1QNU WAS STRIPPED OF LIGANDS PRIOR TO INPUT AS THE MR SEARCH MODEL. ALTHOUGH THE HIGH RESOLUTION DATA HAVE POOR STATISTICS, AN ANALYSIS OF SIGMAA VALUES INDICATED A SIGNIFICANT CORRELATION OF MODEL AND DATA UP TO THE CUT- OFF IMPOSED.
結晶化pH: 6.5
詳細: 32% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 2% MPD, 200 MM NACL, 100 MM HEPES [PH 6.5]

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月27日 / 詳細: OSMIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→24.04 Å / Num. obs: 196254 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.94→3.04 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.29精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QNU

1qnu


解像度: 2.94→22.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 17.995 / SU ML: 0.315 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.469 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REFLECTIONS FOR INCLUSION IN THE TEST SET WERE CHOSEN IN THIN RESOLUTION SHELLS TO MITIGATE THE HIGH DEGREE OF NCS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1029 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 19087 90.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→22.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5400 0 718 18 6136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0216256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4792.0678500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.174312281
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.21138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026187
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0980.23477
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79532856
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9524.52980
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1003tight positional0.070.05
12B1003tight positional0.070.05
13C1003tight positional0.060.05
14D1003tight positional0.070.05
15E1003tight positional0.070.05
16F1003tight positional0.060.05
17G1003tight positional0.050.05
18H1003tight positional0.050.05
19I1003tight positional0.060.05
110J1003tight positional0.060.05
21B17tight positional0.030.05
22C17tight positional0.040.05
23D17tight positional0.010.05
24E17tight positional0.030.05
25F17tight positional0.050.05
26G17tight positional0.040.05
27H17tight positional0.060.05
28J17tight positional0.050.05
11A1003tight thermal0.150.5
12B1003tight thermal0.160.5
13C1003tight thermal0.140.5
14D1003tight thermal0.160.5
15E1003tight thermal0.160.5
16F1003tight thermal0.130.5
17G1003tight thermal0.110.5
18H1003tight thermal0.10.5
19I1003tight thermal0.130.5
110J1003tight thermal0.150.5
21B17tight thermal0.160.5
22C17tight thermal0.060.5
23D17tight thermal0.090.5
24E17tight thermal0.120.5
25F17tight thermal0.090.5
26G17tight thermal0.120.5
27H17tight thermal0.110.5
28J17tight thermal0.220.5
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.02 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.386 75
Rwork0.344 1392
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.7302-1.63510.7606-0.1167-1.012.4582-0.0802-0.36260.11410.1642-0.084-0.2416-0.45240.30490.16420.2001-0.1304-0.02830.3165-0.05410.235-25.704860.733239.4554
2-1.10851.28620.37430.00371.0570.9003-0.1562-0.2530.5695-0.13850.27280.0705-0.15940.1872-0.11670.3576-0.13030.00460.14510.05210.3684-27.689174.480623.973
30.06771.18660.79585.15450.3144-1.0708-0.24990.35390.0642-0.73770.3745-0.2536-0.33140.2759-0.12460.2973-0.22190.02420.31020.04880.2191-21.483765.52926.2573
42.9631-1.3915-2.47142.7768-0.11561.2022-0.11380.0716-0.152-0.1180.1920.0352-0.03540.721-0.07820.0302-0.0739-0.05080.3479-0.03350.2338-15.44645.995510.767
52.4362-0.19310.30580.9456-0.3252-0.1247-0.0386-0.0631-0.12080.20780.1128-0.4787-0.01530.1725-0.07420.1112-0.0482-0.07990.2278-0.00260.3142-18.187643.173331.2617
60.84591.3034-0.16052.8788-0.80373.3536-0.25340.91020.0861-0.60580.2570.4727-0.0064-0.3461-0.00350.2725-0.0973-0.070.36940.03380.3865-56.010262.848319.7043
71.9054-0.80881.18510.5495-1.01644.67930.10010.55971.0675-0.01890.33250.6649-0.4517-0.4333-0.43260.388-0.0378-0.03920.35910.22890.9565-64.220981.510824.167
83.14670.76080.4259-1.2202-0.85240.6231-0.1191-0.65261.20270.06450.01380.1072-0.5225-0.48670.10530.57770.10960.03410.4886-0.3361.0232-66.369482.486844.8406
93.4416-0.531-0.5321-0.69061.40561.4120.1054-0.97970.76660.3081-0.19940.342-0.1824-0.15070.0940.3876-0.10490.00120.7246-0.24930.2154-59.295364.545452.8838
101.37210.9364-0.83642.4450.0368-0.07770.0123-0.3398-0.1121-0.18030.00280.34680.0402-0.141-0.01510.1073-0.0584-0.00620.3205-0.07070.2037-52.81152.354237.3868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 69
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 69
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 69
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 69
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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