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- PDB-2c3f: The structure of a group A streptococcal phage-encoded tail-fibre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c3f
タイトルThe structure of a group A streptococcal phage-encoded tail-fibre showing hyaluronan lyase activity.
要素HYALURONIDASE, PHAGE ASSOCIATED
キーワードLYASE / HYALURONAN LYASE / PHAGE TAIL FIBRE / TRIPLE-STRANDED BETA- HELIX / HYALURONIDASE / SCARLET FEVER
機能・相同性Hyaluronidase, bacterial / Hyaluronidase protein (HylP) / Major tropism determinant, N-terminal domain / Major tropism determinant N-terminal domain / hyalurononglucosaminidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / Hyaluronidase, phage associated
機能・相同性情報
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Taylor, E.J. / Smith, N.L. / Linsay, A.-M. / Charnock, S.J. / Turkenburg, J.P. / Dodson, E.J. / Davies, G.J. / Black, G.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of a Group a Streptococcal Phage-Encoded Virulence Factor Reveals Catalytically Active Triple-Stranded Beta-Helix
著者: Smith, N.L. / Taylor, E.J. / Linsay, A.-M. / Charnock, S.J. / Turkenburg, J.P. / Dodson, E.J. / Davies, G.J. / Black, G.W.
履歴
登録2005年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYALURONIDASE, PHAGE ASSOCIATED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6353
ポリマ－38,5891
非ポリマー462
水4,756264
1
A: HYALURONIDASE, PHAGE ASSOCIATED
ヘテロ分子

A: HYALURONIDASE, PHAGE ASSOCIATED
ヘテロ分子

A: HYALURONIDASE, PHAGE ASSOCIATED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,9069
ポリマ－115,7683
非ポリマー1386
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.534, 58.534, 586.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2049-

HOH

21A-2075-

HOH

31A-2092-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HYALURONIDASE, PHAGE ASSOCIATED / HYLP1


分子量: 38589.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: M1 GAS SF370 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834-BL21 / 参照: UniProt: Q9A0M7, hyaluronate lyase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE ABOVE CONTAINS ADDITIONAL RESIDUES DERIVED FROM THE CLONING VECTOR ...THE SEQUENCE ABOVE CONTAINS ADDITIONAL RESIDUES DERIVED FROM THE CLONING VECTOR MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMS RESIDUES SENIPLRVQ CORRESPOND TO RESIDUES 2-10 GIVE IN THE GENBANK SEQUENCE. THE REST OF THE SEQUENCE IS AS THE GENBANK SEQUENCE. THE N-TERMINAL PORTION OF THE CONSTRUCT IS DISORDERED IN THE STRUCTURE AND SO THE FIRST RESIDUE IN THE PDB IS RESIDUE 7.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化詳細: 3.25M SODIUM FORMATE, PROTEIN CONCENTRATION 10-20 MG/ML IN 20MM HEPES 50MM CALCIUM CHLORIDE. 1 MICROLITRE OF MOTHER LIQUOR MIXED WITH 1 MICROLITRE OF PROTEIN.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日 / 詳細: FIXED RADII TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: GE(220) CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→195.52 Å / Num. obs: 34533 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3.9 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.81→196.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.441 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1816 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.19 34533 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20.65 Å20 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----1.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→196.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 0 2 264 2671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222461
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.9693316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5625320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71125.446101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10615448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5121511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1410.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0640.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0581.51587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8322539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9423874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9864.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 122 -
Rwork0.24 2276 -
obs--90.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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