PDB-2c34: Leishmania mexicana ICP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c34

タイトル

Leishmania mexicana ICP

要素

INHIBITOR OF CYSTEINE PEPTIDASES

キーワード

INHIBITOR / ICP / CHAGASIN / CYSTEINE PEPTIDASE / IMMUNOGLOBULIN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

LEISHMANIA MEXICANA (メキシコリーシュマニア)

手法

溶液NMR / ARIA-ALIKE

データ登録者

Smith, B.O. / Picken, N.C. / Bromek, K. / Westrop, G.D. / Mottram, J.C. / Coombs, G.H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Structure of Leishmania Mexicana Icp Provides Evidence for Convergent Evolution of Cysteine Peptidase Inhibitors.
著者: Smith, B.O. / Picken, N.C. / Westrop, G.D. / Bromek, K. / Mottram, J.C. / Coombs, G.H.

履歴

登録	2005年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年1月15日	Group: Data collection / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2021年6月23日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.5	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c34.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c34.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6qpj-d 2d8h-d 1jmt-d 3d89-d 3zpf-d 1vqi-d 1vqf-d 1vqg-d 1vqd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6794

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: INHIBITOR OF CYSTEINE PEPTIDASES

13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	38 / 50	LOWEST RESTRAINT ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	INHIBITOR OF CYSTEINE PEPTIDASES / ICP 分子量: 13035.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEISHMANIA MEXICANA (メキシコリーシュマニア) プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q868H1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	13C-NOESY-HSQC
1	2	1	15N-NOESY- HSQC
1	3	1	HN(CA)CB
1	4	1	CBCA(CO)NH
1	5	1	(H)CC(CO)NH
1	6	1	(H)CCH-TOCSY
1	7	1	CBCGCDHD
1	8	1	HN(CA)CO
1	9	1	HNCO

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELLED ICP

-
試料調製

詳細	内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態	イオン強度: 75 / pH: 4.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 294.8 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
CcpNmr Analysis	ANALYSIS		構造決定

精密化

手法: ARIA-ALIKE / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST RESTRAINT ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 38

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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