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万見
- PDB-2c32: Co-axial association of recombinant eye lens aquaporin-0 observed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c32
タイトルCo-axial association of recombinant eye lens aquaporin-0 observed in loosely packed 3D-crystals
要素LENS FIBER MAJOR INTRINSIC PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / EYE LENS / MIXED MICELLE / GAP JUNCTION / PHOSPHORYLATION / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


Passive transport by Aquaporins / cell adhesion mediator activity / maintenance of lens transparency / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction ...Passive transport by Aquaporins / cell adhesion mediator activity / maintenance of lens transparency / homotypic cell-cell adhesion / gap junction-mediated intercellular transport / water transport / water channel activity / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / anchoring junction / visual perception / calmodulin binding / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Lens fiber major intrinsic protein
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.01 Å
データ登録者Palanivelu, D.V. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Co-Axial Association of Recombinant Eye Lens Aquaporin-0 Observed in Loosely Packed 3D-Crystals
著者: Palanivelu, D.V. / Kozono, D.E. / Engel, A. / Suda, K. / Lustig, A. / Agre, P. / Schirmer, T.
履歴
登録2005年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LENS FIBER MAJOR INTRINSIC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2451
ポリマ－28,2451
非ポリマー00
水00
1
A: LENS FIBER MAJOR INTRINSIC PROTEIN

A: LENS FIBER MAJOR INTRINSIC PROTEIN

A: LENS FIBER MAJOR INTRINSIC PROTEIN

A: LENS FIBER MAJOR INTRINSIC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9794
ポリマ－112,9794
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)188.271, 188.271, 188.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 LENS FIBER MAJOR INTRINSIC PROTEIN / AQUAPORIN-0 / AQP0 / MIP26 / MP26


分子量: 28244.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: EYE / プラスミド: PYES2.0 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): SC334 / 参照: UniProt: P06624

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.8 %
結晶化pH: 8.9
詳細: 100 MM BICINE NAOH PH 8.9, 350 MM NACL, 34 % (V/V) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9797
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.01→15 Å / Num. obs: 900 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.69 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.21
反射 シェル解像度: 7.01→7.38 Å / 冗長度: 6.96 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YMG

1ymg


解像度: 7.01→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.756 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.781 / SU B: 517.315 / SU ML: 3.822 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 4.233 / ESU R Free: 4.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT AND RIGID BODY REFINEMENT (1 BODY, I.E. THE MONOMER OF THE CRYSTALLOGRAPHIC TETRAMER)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.387 102 11.333 %RANDOM
Rwork0.39 ---
obs0.39 900 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 51.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.01→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 0 0 1761
LS精密化 シェル解像度: 7.01→7.3 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.636 11
Rwork0.45 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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