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- PDB-2c25: 1.8A Crystal Structure of Psathyrella velutina lectin in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c25
タイトル1.8A Crystal Structure of Psathyrella velutina lectin in complex with N-acetylneuraminic acid
要素PSATHYRELLA VELUTINA LECTIN PVL
キーワードLECTIN / PSATHYRELLA VELUTINA / N-ACETYL-GLUCOSAMINE
機能・相同性FG-GAP-like repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / metal ion binding / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Lectin PVL
機能・相同性情報
生物種PSATHYRELLA VELUTINA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cioci, G. / Mitchell, E.P. / Chazalet, V. / Gautier, C. / Oscarson, S. / Debray, H. / Perez, S. / Imberty, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Beta-Propeller Crystal Structure of Psathyrella Velutina Lectin: An Integrin-Like Fungal Protein Interacting with Monosaccharides and Calcium.
著者: Cioci, G. / Mitchell, E.P. / Chazalet, V. / Debray, H. / Oscarson, S. / Lahmann, M. / Gautier, C. / Breton, C. / Perez, S. / Imberty, A.
履歴
登録2005年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSATHYRELLA VELUTINA LECTIN PVL
B: PSATHYRELLA VELUTINA LECTIN PVL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,04613
ポリマ－86,0352
非ポリマー2,01111
水8,053447
1
A: PSATHYRELLA VELUTINA LECTIN PVL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2738
ポリマ－43,0171
非ポリマー1,2567
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PSATHYRELLA VELUTINA LECTIN PVL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7725
ポリマ－43,0171
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.728, 144.403, 52.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PSATHYRELLA VELUTINA LECTIN PVL


分子量: 43017.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: WILD MUSHROOM / 由来: (天然) PSATHYRELLA VELUTINA (菌類) / 参照: UniProt: Q309D1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖
ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS SEQUENCE NOT YET DEPOSITED IN SEQUENCE DATABASE. RESIDUE THR 3 HAS BEEN MUTATED TO VAL 3. ...AUTHORS SEQUENCE NOT YET DEPOSITED IN SEQUENCE DATABASE. RESIDUE THR 3 HAS BEEN MUTATED TO VAL 3. THE GENBANK REFERENCE CODE FOR THIS ENTRY IS GQ232759.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 2.2M (NH4)2SO4, 0.1M MES PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→24.69 Å / Num. obs: 70971 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.93 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 8.26
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.87 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BWM

2bwm


解像度: 1.8→72.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.309 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 3575 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 67358 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20.11 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→72.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6076 0 127 447 6650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.9458624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.096313043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5155800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.47223.878294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87315937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8891542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.26012
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.23041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23723
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1030.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.991.54007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52626242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26532686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.224.52382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.262 261
Rwork0.241 4992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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